当线上支付机构没有足够的资金满足客户兑现电子货币或结算的需求时，就会面临资金流动性风险。一般情况下，线上支付机构常常会因为流动性风险而恶性循环地陷入声誉风险中,只要线上支付机构在某一时刻无法以合理的成本迅速增加负债或变现资产，从而获得足够的资金来偿还债务，就存在资金流动性风险，这种风险主要来自电子货币的发行人。发行人将出售电子货币的资金进行投资，当客户要求赎回电子货币时，投资的资产可能无法迅速变现，或者会造成重大损失，从而使发行人遭受资金流动性风险，同时引发声誉风险。
资金流动性风险与声誉风险往往联在一起，成为相互关联的风险共同体。电子货币的流动性风险同电子货币的发行规模和余额有关，发行规模越大，用于结算的余额越大，发行者不能等值赎回其发行的电子货币或缺乏足够的清算资金等流动性问题就越严重。由于电子货币的流动性强，线上支付机构面临比传统金融机构更大的资金流动性风险。
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