海关的基本职能包括税收征管、出入境监管、保税监管、进出口统计、海关稽查、知识产权海关保护、打击走私、口岸管理等，跨境电商涉及的就是进出境货物的监督管理。与海关一起工作的检验检疫独立于海关的部门，由商品检验、卫生检疫、动植物检疫等三个部分组成，检查人员和货物是否符合卫生标准，与跨境电商有关的是商检。
边检即边防检查，主要是对出入境人员及携带物品的检查;而安检主要是查违法物品，保障交通安全。既然是监督管理，那么就要查验货物，商检是查质量卫生，具有一票否决性，不合格即无法入境。而海关查验是要确定申报的真实性，商品的归类、价格及产地等信息，落实国家的税收和贸易管制措施等情况。
因此海关查验相对复杂，在申报环节和查验放行环节，只要海关关员在进行人工审单时认为报关单申报内容不清楚，或有任何疑问，便可以人工操作下达布控指令，查验货物是否单货相符，贸易类会出具《海关查验通知单》而邮件、快件以及跨境电商等小件，流水线直接操作。
查验可以分为人工查验和机检查验，可以抽查或彻底查验。查验比例及布控的策略，海关会根据企业的通关历史记录、信用等级、商品的风险水平等因素调整。如今，报关有点像公司的会计管理，可以自己操作也可委托报关行代理，2014年“简政放权”海关总署废止“报关员”资格核准，只要备案即可。总之，进口申报环节很重要，无论是哪种通道都务必“按期、如实、规范”。
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