跨境电商对应的订单、支付单、物流单、清单报送海关系统后，根据相应的业务规则查验对应订单，根据查验结果决定是否放行，只有经查验放行的订单才可进入后续分拣、配送阶段。
三单合一监管规则下电子清关核心报送信息如下:
订单:由电商企业推送电子订单数据，主要内容包括订购人信息、订单号、支付单号、物流单号及商品信息等。
支付单:由支付企业推送支付单数据，主要内容包括支付人信息、支付金额、订单号、支付单号等。
物流单:也称为运单，由仓储物流服务商推送运单数据，主要内容包括物流单号、订单号、商品信息、收货人等。
海关系统会按照以下规则对信息进行校验，确认是否放行;
(1)订单、支付单、物流单匹配一致;
(2)电商平台、电商企业备案信息真实有效;
(3)订购人姓名、身份证号匹配查验一致;
(4)订购人年度购买额度小于等于人民币26000元;(5)单笔订单实际支付金额小于等于人民币5000元;
(6)单笔订单单个商品数量小于8个，商品总数量小于25个;
(7)订单商品价格、代扣税金、实际支付金额等计算正确(允许5%误差);
(8)订单实际支付金额与付单支付金额、支付人信息等一致。
对于税费，第三方代理清关公司在海关设置有保证金账户，订单放行的同时会对保证金进行扣减。
在三单合一匹配规则中，订单申报信息中包含电商企业代码、电商平台代码，但支付单申报信息中仅包含电商平台代码，即海关系统的关注点在于订单、支付单需要发生在同一个平台，支付企业与电商企业是否签订协议并不重要。这就为在天猫国际、京东国际这样的B2C平台上开店的电商公司提供了报关途径。
实际上，在业务开展筹备期进行海关备案时，企业需要申报电商平台是自建还是挂靠第三方电商平台。当然，挂靠的第三方电商平台本身首先需要完成海关备案，否则会导致后续订单清关失败。
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