进口跨境电商供应链的仓库为国内保税仓，建立在境内，但属于关外，分为三种模式:自营模式、公共模式和兼营模式。自营模式是跨境电商自己设立和运营仓库，只为自己的物流提供服务。公共模式是跨境电商租用第三方仓库或直接由第三方仓库运营物流管理。对于公共模式下的仓储，不需要前期投入，适合中小型跨境电商。兼营模式是跨境电商的自营仓库在满足自身需求的情况下，也为其他电商提供仓储服务。兼营模式的典型例子是亚马逊。亚马逊拥有较为完善的仓储服务，在满足自身运营要求的情况下，也为其加盟卖家提供“物流+”服务，解决卖家的物流烦恼。自营模式和兼营模式都需要较大的固定成本投入，所以只有资金雄厚的大型跨境电商才能采用这两种模式。
仓储运营成本主要包含三方面的成本:人力成本、租金成本和设施成本。人力成本是指仓储管理人员的劳动力成本;租金成本则是指仓库土地或房屋的租金;设施成本是指仓库的机器设备进行设置的运营成本。随着跨境电子商务对物流效率要求的不断提高，仓储设施也在不断升级换代。许多仓库都实现了自动化配置，提高了设施运营成本。相比发达国家，我国的人力成本及租金成本都相对较低。因此，将仓库设在我国能够降低一定的仓储成本。
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