1.产品同质现象严重，竞争更加激烈
目前，我国跨境进口电子商务的市场结构相对而言是比较集中的，跨境电子商务平台无论其规模大小，主要以服装、电子、母婴、户外运动等产品为主。由于大多数平台的进口商品雷同，各大跨境进口电子商务平台不得不利用自己的资本优势，纷纷推出包邮、保税、打折或节日优惠等措施，意图通过更低的价格来吸引消费者，实行低价策略，导致利润空间持续下降。
2.国外供应链难以控制
目前国内的跨境零售进口电子商务的货源多数是通过个人或是专业进口团队向海外零售商代购，然后再向国内消费者出售，并没有实现与海外供应商直接的合作，也并没有获得品牌的授权，因而也未能实现与海外著名品牌货源上的对接。这就导致了产品成本较高、供货渠道不稳定、品质真假优劣
难以保证的问题发生。
3.监管政策不明晰导致不确定风险增加
最近几年，政府出台了关于跨境进口电子商务的政策，但一些政策变化不定。例如2016年3月底，财政部、海关总署、国家税务总局发布《关于跨境电子商务零售进口税收政策的通知》，从当年4月8日起执行，但实施不到两个月就被暂停。2016年5月25日和2017年9月20日，经国务院批准，决定将跨境电子商务零售进口监管过渡期政策两次延长至2018年年底。另外，还有一些其他的部门没有出台或者没有完善关于跨境进口电子商务的政策，导致企业发展的不确定性风险大大增加。
4. 物流问题
跨境进口避免不了要面临来自商品供应商、国际物流、国内物流以及多地海关税务部门的多重风险，使得整条供应链的时效性较慢，加上主要依赖航空运输，物流成本偏高。由于流通环节从揽件到最终货物送达客户，往往需要经过多次转运，包裹破损很难避免，并且无论是邮政包裹还是使用专线物流，都存在一定的丢包率。这不仅给消费者带来糟糕的购物体验，也使得企业自身不得不承担运费、货品以及客户流失的损失。
