虽然跨境电子商务及支付业务的迅猛发展给企业带来了巨大的利润空间，但是如果管理不当也可能给企业带来巨大的风险，当前我国跨境电子商务与支付业务的操作瓶颈主要体现在以下方面。
1.交易真实性难以审核
电子商务的虚拟性，直接导致外汇监管部门对跨境电子商务交易的真实性、支付资金的合法性难以审核，为境内外异常资金通过跨境电子商务办理收支提供了途径。
2.国际收支申报存在困难
一方面，通过电子支付平台，境内外电商的银行账户并不直接发生跨境资金流动，且支付平台完成实质交易资金清算常需要7~10天，因此由交易主体办理对外收付款申报的规定较难实施。另一方面，不同的交易方式下对国际收支申报主体也立生一定的影响。如代理购汇支付方式下，实际购汇人为交易主体，应由交易主体进行国际收支申报，但依前所述较难实施；线下统一购汇支付方式下，实际购汇人为支付机构，可以支付机构为主体进行国际收支申报，但此种申报方式难以体现每笔交易资金的实质，会增加外汇监管难度。
3.外汇备付金账户管理缺失
随着跨境电子商务的发展，外汇备付金管理问题日益凸显，而国内当前对外汇备付金管理仍未有明确规定，如对于外汇备付金是归属经常项目范畴，还是资本项目范畴(按贸易信贷管理)，外汇备付金账户开立、收支范围、收支数据报送，同一机构本外币备付金是否可以轧差结算等均无统一管理标准，易使外汇备付金游离于外汇监管体系之外。
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