2004年，以敦煌网上线为标志，跨境电子商务2.0阶段来临。这个阶段，跨境电子商务平台开始摆脱纯信息黄页的展示行为，将线下交易、支付、物流等流程实现电子化，逐步实现了跨境贸易的在线交易。相比较第一阶段，跨境电子商务2.0更能体现电子商务的本质，借助于电子商务平台，通过服务、资源整合有效打通上下游供应链，包括B2B(平台对企业小额交易平台模式，以及B2C(平台对用户)平台模式。跨境电子商务2.0阶段，B2B平台模式为跨境电子商务主流模式，通过直接对接中小企业商户实现产业链的进一步缩短，提升商品销售利润空间。
在跨境电子商务2.0阶段，第三方平台实现了营收的多元化，同时实现后向收费模式，将“会员收费”改以收取“交易佣金”为主，即按成交效果来收取百分点佣金。同时还通过平台上营销推广、支付服务、物流服务等获得增值收益。
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