电子代理报关委托系统由中国报关协会组织研发和管理，并授权各地方报关协会协助管理和服务。报关企业须在该系统备案登记，通过中国报关协会及其授权的地方报关协会审核，方可接受委托报关。
当进口企业需要委托报关企业进行报关时，可凭电子口岸IC卡/U盾(法人卡)登录中国电子口岸主页，在公共服务模块中选择“中国电子口岸执法系统安全技术服务用户录”点击进入业务系统，选择“报关代理委托”模块，可凭电子口岸IC卡/U盾/或输入用户名和密码，进入电子代理报关委托系统中，通过在系统中的委托关系管理项下选择报关企业，发起委托申请，由报关企业登录系统确认委托申请书，委托双方在本系统确认电子代理报关委托书，报关企业在申报时将其作为电子报关单随附单证发送至海关通关系统。
外贸企业和报关企业在中国电子口岸平台上进行委托，不仅能减少流转，也更方便追溯。海关施行报关电子委托，取代过去的纸质版报关委托书，进一步实现了无纸化通关。
企业可通过此管理系统进行委托关系变更，也可查询其委托的报关行和报关员的具体信息。
进出口货物的收发货人以自己的名义向海关申报的，通过登录“单一窗口”标准版进行申报即可。若进出口企业需委托报关企业进行申报，报关企业以自己的名义或以委托人的名义向海关申报的，在此之前双方需通过“电子代理报关委托”模块在系统中签署电子代理报关委托书。在申报时，系统会自动提取由委托人签署的电子代理报关委托书，并按照委托书的授权范围办理有关海关手续。
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