企业应将其自身的管理要求与海关的各项管理规定相结合，建立、健全内控机制。
一是岗位责任制。加强企业管理人员、报关主管或进出口部门负责人、报关人员的岗位管理，明确职责分工，制定完善的进出口业务操作程序、工作标准及报关人员管理规定。
二是完善的进出口业务管理制度。包括报关管理制度、外汇核销管理制度、出口退税管理制度、批文和配额等进出口专有权利管理制度及财务管理制度，有明确的进出口业务分工和完整的作业程序规定。
三是印章、合同、票据、单证收付、档案、仓储管理制度和规定。有专人保管报关专用印章、手册、报关单、清单、转厂资料及有关进出口资料，并有明确的保管、交接、存档制度和手续。企业的会计账簿、会计凭证等资料的保管要求和时限，应按照《中华人民共和国会计法》(以下简称《会计法》)、企业会计制度等的要求严格执行，加强会计监督。
四是企业内部协调联系机制。保证进出口业务的有序衔接和手册、报关单、转厂资料等有关进出口资料的妥善交接、保管，避免遗失重要业务单证或无法提供有关账簿、资料等情况的发生。形成进出口业务管理协调、统一的整体系统。
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