金税工程是经国务院批准的国家级电子政务工程，是国家电子政务“十二金”工程之一，是税收管理信息系统工程的总称。1994年税务总局推行金税一期，采用人工采集纳税人发票信息的方式，再由计算机比对发现问题，但由于人工采集数据错误率太高，并不好用；2001年税务局总结经验，上线了金税二期，并在全国推使用，金税二期实现了发票自动采集，这是金税工程的第二个阶段；2013年，金税三期系统先后在广东、山东、河南、山西、内蒙古、重庆等六个省市级园地税试点试行后于2016年实行金国城市税务局上线实施。
金税三期系统多智能呢？
金税三期系统是由一个平台、两级处理、三个覆盖、四个系统组成。
一个平台：包含网络硬件和基础软件的同一技术基础平台；
两级处理：指依托统一的技术基础平台， 逐步实现数据信息在总局和省局集中处理；
三个覆盖：指应用内容逐步覆盖所有税种，覆盖所有工作环节，覆盖国地税并与相关部门进行联网，比如工商、银行、海关、社保、民政局、发改委、公安局等；
四个系统：指系统通过业务重组、优化和规范，逐步形成一个以征管业务系统为主，包括行政管理、外部信息和决策支持在内的四大应用系统软件，主要有增值税防伪税控开票子系统、防伪税控认证子系统、增值税稽核子系统和发票协查子系统。
金税三期融合税收征管变革和技术创新，统一了全国国地税征管应用系统版本，搭建了统一的纳税服务系统，实现了全国税收数据的大集中。
金税三期最大的特点就是“以票控税”，增值税专用发票都有发票代码和发票号码，这个发票代码和号码系统里面也有，当我们取得增值税进项发票要认证的时候，需要将号码输入系统，如果和系统号码对上了，就没有问题，对不上系统就会报警。
金税三期系统建立了统一的网络发票系统，通过建设统一的网络发票管理、查询等系统，制定了网络发票开具标准和赋码规则等相关制度，让税务监管变得简单。金税三期系统能及时获取纳税人开具的发票信息，并与企业申报信息进行自动比对，如果企业的发票有问题，系统就会报警，并将企业信息推送到相关所属税局管理员那边；管理员就会找到企业进行核实或稽查，如果严重甚至会有刑事责任。
除了发票比对功能外，金税三期系统还会对企业的收入、成本、利润、库存、行业数据以及往年数据等进行分析对比，以此来判定企业纳税是否异常。
举个例子，企业购入10万台手机，全部销售完毕，其中 60%收入回到企业基本户，40%进了老板私人账户，进入私人账户部分没有入账，那么这种情况税务局系统如何比对呢？购入10万台手机，账面只销售出去60%，那么就意味着还有 40%没有销售出去，仓库里面应该还有4万台手机，如果库存数量和金额对不上，系统就会提示异常。
