两种模式整体呈现“三同三不同”，具体如下。
(1)税收政策相同
两种进口模式在税收政策上享受相同优惠，一般情况下，同普通货物相比，在税收上具有较大优势：在个人年度交易限值以内进口的跨境电商商品，关税税率全部是0，进口环节增值税、消费税暂按法定应纳税额的70%征收。同一商品若按照一般贸易进口，缴纳税款约为售价的30%，而按照跨境电商方式进口，纳税款则不到售价的10%，税收优惠显而易见。但是，如果商品最终售价与进口价格差异很大，电商模式的税收优惠则不明显(整体考虑国内流转环节税负)。
(2)消费总(限)额政策相同
消费者单次交易不得超过5000元，年度交易限值不得超过26000元。如仅购买一件商品,完税价格超过5000元单次交易限值但低于26000元年度交易限值，享受相关优惠(如不需要提交许可证)，但要按照货物税率全额征收关税和进口环节增值税、消费税，交易额计入年度交易总额；如果年度交易总额超过年度交易限值的，应按一般贸易要求管理，不享受任何电商政策优惠。
(3)商品范围相同
两种模式进口商品全在《跨境电子商务零售进口商品清单》内。清单备注会对部分商品(如粮食、冻水产品)的进境方式、年度消费数量、有关限制等进行说明，如有的商品备注为“列入《进出口野生动植物种商品目录》商品除外”,有的为“仅限网购保税商品”。
不同进口模式适合进口不同商品。家庭长期使用且适宜围货的商品，如奶粉、纸尿裤等，适合用网购保税进口模式；直购进口商品的品类更齐全，选择性更广泛。
(4)实施地理范围不同
“网购保税进口”(1210)目前只能在特殊区域或物流中心开展。
“直购进口”(9610)没有实施城市限制，原则上任何城市都可以开展。
(5)入境后的暂存地点不同
“网购保税进口”(1210)及“网购保税进口A”(1239)商品进口后，作为保税货物存储在特殊区域或物流中心，存放时间能长达数月。
“直购进口”(9610)在海关监管作业场所内暂存、即刻放行(部分城市目前在海关特殊监管区域内的海关监管作业场所开展)。
(6)物流模式不同
“网购保税进口”(1210)商品一般通过海运方式批量运至特殊区域或物流中心，待境内消费者下单后，再运送给消费者。因已在国内备货，故响应订单快、运输时间短、综合运费低。
“直购进口”(9610)俗称“集货模式”，即跨境电商商品在国外已经根据每个订单打好小包，一般通过航空等国际物流运输至国内海关监管作业场所，按照小包逐个向海关申报(可能会被抽中查验)，海关放行后运递给境内消费者。商品运输时间长、运费高(主要是航空运输)、时效性低。
此外，关于退货管理，消费者对上述模式商品均可以申请退货。“网购保税进口”(1210)及“网购保税进口A”(1239)模式因在国内进行，退货手续简单。“直购进口”(9610)因面临国际物流操作、国外海关清关等情况,耗时较长。
