商检的核心工作，是确保企业的资质与出口货物符合法律与相关规定的要求。申请到企业资质，并且确保货物符合规定后，常规的报检工作其实并不复杂。流程是最基本、最概括、完整的流程，现实报检中可能会遇到许多例外情况，最常见的就是要求企业对自身环境或产品进行整改。
一般报检所需的正本文件，包括外销合同、商业发票、装箱单与厂检单等。出口企业最好在电子申报前就完成以上文件的制作，一方面方便后续电子申报录入时对照，提高工作效率。另一方面如果正本文件制作有误，后续操作核对时容易发现，避免错误申报。由于常规的报检工作必须在报关前完成，而且报检工作与报关工作一般是分工进行，有不同的经手人，如果在报关的时候才发现商检申报内容有误，那么基本上是无法现场修改的(报关资料有误还可能改)，报关无法完成，船期也会延误。加班加点终于准时交货，却可能因报检的一个小小错误延误而导致客户巨额索赔。就算报检工作委托报检行代办，报检所需的报检资料也最好由出口商制作好，再交由报检行检查。由报检行制作报检资料更容易因为不了解订单交易全程而出现与报关不符的状况。
报检资料制作完成后，报检工作首先必须录入电子数据向出入境检验检疫局申报，一般通过“九城单证系统”或“榕基电子单证系统”录入并申报。软件系统是需要向软件销售公司购买安装的，一般的报检行都有安装，可供代录人、代申报。软件的操作与一般的ERP或通用软件差不多，这里不作详细介绍，在百度文库里很容易就可搜到相应的操作说明手册。
电子数据申报后，报检公司需到现场向出入境检验检疫局递单。所谓递单，其实就是交资料。负责与出入境检验检疫局工作人员接触递交文件的员工，必须持有报检员证，递单工作也可委托报检行代办。
现场递单后，如果出口商的分类(若涉及企业分类管理，见表3-1)较低，或者是首次申报，那么出入境检验检疫局可能会通知报检员，要求下厂查看，或是由企业送样品检测。出入境检验检疫局工作人员下厂查看时，出口代理商或外贸卖家最好有员工陪同说明情况，陪同说明的工作一般报检行无法代办，因为他们对产品不够熟悉。
上述工作都完成后，需要缴纳商检费(收费标准见《出入境检验检疫收费标准》)，然后出入境检验检疫局就会视情况出具“出境货物通关单”或“换证凭条”，货物出口报关时需递交出人境检验检疫局出具的文件以向海关证明货物已经检验。一般报检与报关口岸都属同一地区就会出具“出境货物通关单”，属不同地区就出具“换证凭条”。“换证凭条”是没有正本的，用于报关时只需按凭条的资料在报关地换成通关单就可以使用，免去了正本文件的递送。而且“换证凭条”换成通关单前，如果商检申报内容有误，修改起来相对比较容易。
