使用亚马逊FBA的主要缺点之一就是费用高。它需要核算到卖家的利润占比中，会减少卖家的利润。因此，对于那些体积小、重量轻的物品，FBA 更可行。除此之外，卖家还必须考虑库存仓储费。这些是卖家向亚马逊支付的用于将产品存储在其运营中心的费用。这取决于存放物品的时间以及产品的尺寸。亚马逊将不同类别的产品存储在同一个地方，因此不同品牌的产品会混淆。如果标签不正确，产品可能会被错误处理，甚至可能导致损坏。
选择亚马逊物流的卖家必须严格遵守亚马逊规定的包装要求。如果不这样做，可能会导致产品根本无法运送给客户，这样就使得包装没有灵活性。因此，按照上述标准准备产品可能是一个烦琐目耗时的过程。亚马逊FBA还附带某些因州而异的税收义务。作为卖家，了解纳税义务至关重要。
FBA是否适合卖家，卖家可以使用FBA计算器计算产品的盈利能力后确定。该计算器可以让卖家很好地了解利润率，并帮助卖家相应地制定选品商业计划。
商家配送通常也称为商家配送网络(MFN，merchantfulfiment network)，是FBA的最佳替代方案，也就是FBM。卖家负责自行处理和运送订单。除此之外，卖家还必须提供客户服务并在出现问题时处理退货和退款。
这种方式的所有责任都落在卖家的身上，因此卖家必须有一个具体的系统来确保业务顺利进行。在考虑选择亚马逊，FBM之前，卖家最好满足以下要求。首先卖家要有个整齐而系统地存储库存的地方，其次有可靠的物流和配送网络，确保产品顺利准时送达。最后卖家还应具备快速处理订单的能力。这涉及按照标准对订单进行包装和贴标签，同时可以方便地处理退货、退款并为产品提供客户服务，而不会对业务产生负面影响。独家产品和小批量或一次性产品的卖家适合使用 FBM。
卖家还需要知晓 Amazon SFP(Amazon seller fulfilled Prime)，它与FBM 非常相似，商家全权负责处理订单并将其及时运送给客户。然而，这有一个很大的好处，卖家可以在自己完成的列表上展示 Prime徽章，并享受所有相关的好处，而无须注册 FBA。Amazon SFP还允许卖家更有效地拥有Buy Box。在这种情况下，Amazon SFP与FBA相似。在许多方面，Amazon SFP是一个游戏规则的改变者，因为它允许合格的卖家获得Prime徽章，而无须支付高额的FBA费用。但是，加入Amazon SFP并不容易。
