尽管跨境电子商务为我国的外贸企业带来了巨大的商机，但同时也使其面临很大的挑战。
(1)外贸企业信息化程度低
电子商务的实施，要以信息化为基础。与西方发达国家相比，我国企业信息化起步晚信息化基础薄弱。中小外贸企业因为资金、人才缺陷、信息化水平仍然很低，具体表现为网16| 跨境电商基础、策略与实战
站功能单一，管理不到位，营销推广效果不明显。许多外贸企业的网站停留在提供信息和查询的初级阶段。很少企业的网站能实现在线治谈，签订购货合同等功能，遑论顺利完成整个对外贸易流程了。
(2)信息网络安全体系有缺陷
电子商务的运作涉及多方面的安全问题，如资金安全、信息安全、货物安全、商业机密等，特别是有关网上支付结算的信息安全性和可靠性将一直是电子商务的核心研究领域。因为电子商务必须依靠互联网，所以作为开展电子商务基础的网络必须安全可靠，网络传输的误码以及网络连接的故障率都应尽可能低。而目前我国一些电子商务网站在安全体系上没有设防，很容易受到计算机病毒和网络黑客的攻击，为电子商务的发展带来很多安全隐患。
此外，跨境电商还面临交易安全的挑战。在跨境电子商务活动中，合约、价格等信息事关商业机密，而网络病毒和黑客侵袭会导致商务诈骗、单据伪造等行为。许多外贸公司不敢上网签约或交易结算，严重影响跨境电子商务的发展。
(3)电子商务法律制度不完善
电子商务是一项复杂的系统过程，它不仅涉及参加贸易的双方，而且涉及不同地区、不同国家的工商管理、海关、保险、税收、银行等部门。跨境物流存在运费、关税高且安全性低等问题，支付环节则涉及外汇兑换和资金风险，如何公平仲裁、保障贸易纠纷双方利益需要有统一的法律和政策框架以及强有力的跨地区、跨部门的综合协调机制。但是，目前我国有关电子商务的法律并不健全，如知识产权保护问题、信息资源与网络安全问题、电子合同的效力和执行问题等都需要法律方面的进一步完善。此外，在跨国家、跨地区、跨部门协调方面也存在一些问题，需要不断完善。
(4)缺乏高级复合型人才
电子商务涉及的领域众多，包括技术、经济、管理、法律等。对外贸企业而言，只有既懂得计算机网络知识，又熟悉外贸业务的操作流程，同时还具备一定外贸和电子商务法律知识的复合型人才才是企业最宝贵的资源。但是目前一些高等院校开设的电子商务专业过于侧重技术层面的培养，没有考虑电子商务的整体性，这与外贸企业的实际需求存在着很大的差距，电子商务人才的短缺与不足将直接影响外贸企业电子商务的竞争能力。
