集装箱运输的费用包括内陆或装货港市内运输费、拼箱服务费、堆场服务费、海运费、集装箱及其设备使用费等。
目前，集装箱货物海上运价体系较内陆运价体系成熟，基本上分为两大类:一类是沿用件杂货运费计算方法，即以每运费吨为单位计算费用(称散货价)，再加上相应的附加费;另一类是以每个集装箱为计费单位(俗称包箱价计算费用。
1.件杂货基本费率加附加费
(1)基本费率。参照传统件杂货运价，以运费吨为计算单位，多数航线上采用等级费率。
(2)附加费。除传统件杂货所收的常规附加费外，还要加收一些与集装箱货物运输有关的附加费。
2. 包箱费率
包箱费率(BoxRate)以每个集装箱为计费单位，常用于集装箱交货的情况。常见的包箱费率有以下三种形式:
(1) FAK(Freight for All Kinds)包箱费率。即对每一集装箱不细分箱内货类级别，不计货量(在重量限额之内)，只按箱型统一收取的运价。
(2)FCS (Freight for Class)包箱费率。即按不同货物等级制定的包箱费率。集装箱普通货物的等级划分与件杂货一样，仍是1~20级，但是集装箱货物的费率级差远小于件杂货的费率级差。一般低等级的集装箱收费高于传统运输;同一等级的货物，重货集装箱运价高于体积货运价。在这种费率下，拼箱货运费计算与传统运输一样，先根据货物名称查得等级，然后套相应的费率，乘以运费吨，即得运费。
(3)FCB(Freight for Class and Basis)包箱费率。即按不同货物等级、货类及计算标准制定的费率。
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