跨境电商进口业务主要分为两种操作模式: 海外直邮及保税区发货。海外直邮模式为货物发到国外指定仓库(海外仓)，消费者购买后直接由国外指定仓库发货;保税区发货模式为货物发到保税区指定仓库(保税仓)，消费者购买后直接由保税区指定仓库发货。
1.保税进口清关模式
保税进口清关模式指跨境进口电商提前批量采购并将商品运至保税区内的保税仓库免税备货，客户订单发出后，商品直接从保税仓库发出，在海关等部门监管下通关。该模式借助保税区的政策优势，针对特定的热销日常消费品开展“整批商品入区、消费者下单后分批以个人物品出区，征缴行邮税(税改后改为缴增值税和消费税”的进口业务。试点商品以“个人自用、合理数量”为原则，从而降低进口电商企业的货物价格，同时货物从国内发出，缩短了消费者的等待时间。
保税进口业务的清关模式为: 商家将境外商品批量备货至海关监管下的保税仓库(保税区)，消费者下单后，电商企业根据订单为每件商品办理海关通关手续，在保税仓库完成贴面单和打包工作，经海关查验放行后，由电商企业委托国内快递配送至消费者手中。每个订单附有海关单据。
2.浙江 /上海保税进口流程范例
在保税模式前期准备中，企业备案包括海关备案及国检备案。海关备案所需资料(根据实际情况提供相应材料)有:
•备案申请表;
•电商企业承诺书；
•境内企业资料；
•网站信息；
•提供网站与境内企业的关联关系
国检备案所需资料(根据实际情况提供相应材料)有:·企业备案申请表；
•企业质量诚信承诺书；
•保税中心对国检提供的担保书；
•消费者告知书；
•境内企业资料。
同时跨境电商需要确定区内仓储企业，包括办理区内人驻企业。监管部门要求入驻企业公司注册地址在保税区内，最低注册资金不低于 500 万元且经营范围要包括从事货物和技术进出口业务、仓储服务。同时跨境电商需与区内人驻企业签订仓储协议。
