当第三方支付机构作为电商平台的支付通道时，资金在到达境内卖家前必须经过第三方支付机构的备付金账户，随着业务的发展会逐渐沉淀出巨大的“资金池”。“资金池”里的总量随着第三方支付机构的业务规模增大，将会带来巨大的资金管理风险，包括客户为防止部分支付机构出现违法挪用备付金账户的情形，2016年我国国务院办公厅《关信息安全以及备付金账户中的资金安全。
于印发互联网金融风险专项整治工作实施方案的通知》提出，非银行支付机构不得挪用、占用客户备付金，客户备付金账户应开立在中国人民银行或符合要求的商业银行……非银行支付机构不得连接多家银行系统，变相开展跨行清算业务等，由此，中国人民银行从2017年起出台一系列规定，要求第三方支付机构在2019年1月14日之前将除了跨境人民币备付金账户基金销售结算专用账户、预付卡备付金账户和外汇备付金账户之外的其他客户备付金100％集中交存到指定机构，逐步落实客户备付金集中存管制度。同时自2018年6月30日起，网络支付业务从直连模式迁移至非银行支付机构网络支付清算平台（网联平台）处理，网联平台作为全国统一的清算系统，主要处理非银行支付机构发起的涉及银行账户的网络支付业务，实现非银行支付机构及商业银行的一点接入，提供公共、安全、高效、经济的交易信息转接和资金清算服务，所有支付机构和银行之间的业务实现透明化，支付信息流和资金流均受到中国人民银行的监控。
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