海外仓实际发生的成本，包括仓租、物流、人工、设备折旧、耗材等。换成卖家的核算视角，付出了头程费用、关税、仓租及处理费、本地配送费等，以及库存损耗。初期，为了提高海外仓经营效益，不少服务商提供了精细化的服务和计费体系，入仓费、托盘费、提货费、单证费、查验关税、退货费等。
随着行业竞争发展，过于复杂的计费项逐步合并简化，尤其是要求卖家头程自送的，加上促销免租期，最后只涉及操作费、配送费及个别增值服务。大卖家也可以采用租用固定面积或储位的包月方式，而单品SKU数量成为作业杂度的关键因素，逐渐被海外仓商家纳入报价体系。
由于季节性因素太突出，也成为计费调整的一个方面，例如FBA就统一提高第四季度的配送费用、月度库存仓储费、库存配置等服务费，货损及滞销库存还会有长期仓储费用。为了保证健康的财务体系，海外仓要求客户税费预付，每个订单的环节物流成本一目了然，以实际发生即时扣减。
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