商业快递入境清关的时效高，按预申报先放货，在航班起飞之前，清关数据预先传送到目的国当地海关，航班抵港时海关已经审核完毕，一个主单中的其中一票被查验，不会影响到其他货物的清关。快件监管中心通常设在主要口岸机场附近的公共监管区快件清关完毕，不具备快件清关资质的公司不能从监管中心提货，也不能在监管中心里操作换单，海关要监控包裹的最终去向。普通清关代理只能为每个客户分别清关，若要一次批量清关多货主的集拼货，则需要更高级别的快件清关资质，美国海关对于设立第三方快件中心非常谨慎，容易出现拆单、伪造进口人与实际收件人等关务风险。在集拼模式下的尾程派送的关键是看进口人，若整票货清关完毕了，进口人就可以在美国国内分发了。
各国海关对快件都有规定细则，包括完整的客户资料及清关文件，申报价值低于免征额的包裹免于征税。如果申报或被估货值超过一定额度，则需准备原产地证、进口许可证、检测报告等，按正式清关办理，个人需要清关代理公司来协助办理清关手续，退回的所有费用直接转由寄件人承担。有些国家，不接受无费用弃件，若目的地清关失败，即使发件人选择弃件，也需要支付弃件费，否则国外会安排到付退回。
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