日本国土面积小，人口密度集中，网购人群基数高，物流发展成熟，因此日本的跨境电商发展潜力巨大。日本消费者重视产品质量与物流效率，而物流是影响购物体验的重要因素，日本买家能够接受的物流时长为1-2天左右，因此作为跨境电商亚马逊平台的卖家，选择FBA发货是最好的选择。
日本FBA也是分为头程，海外仓存储以及本地配色三部分费用组成。FBA头程费用由头程运费，清关费（关税费用+手续费）构成，运费不用多说，为从国内发往日本仓库的运费。清关费用方面可以使用日本的进口代理商来节省关税手续费，避免日元清关的汇率问题。卖家在清关的时候需要注意日本的税率分为很多的档，为了产品安全通关，一定要选择正规渠道进行清关。
值得一提的是，部分商品由于其特殊性导致清关较为繁琐，花费时间较长，还会因资料不全导致产生存储费用和清关失败产生的销毁费用。这些产品包括但不限于需要免疫证明书的食品，需医疗证明的跟人体直接接触的按摩器材，小朋友的玩具需注明使用年龄段等等。
除此以外：
1. FBA的送货费略有增加，新增大件的尺寸标准等级。
2.货物的长期保管费变动。FBA对在仓库存放超过365天的非媒体产品不再收取每月10日元的最低长期保管费，但将维持每月每1000立方厘米17.773日元的长期保管费。
3.收取退货及销毁费用。亚马逊物流将根据退货或丢弃物品的大小和重量收取退货费和处理费。在指定重量栏内，退货费和处置费是相同的。
4.包装尺寸将统一测量，新尺寸与目前的信封B尺寸(35.0x30.0x3.3cm)相同。去掉了价格部分，不管订单价格如何，每件商品只收取198日元的单笔费用;购买商品的资格门槛从1400日元下调至1000日元。
最后，上述费用已包含消费税。
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