随着跨境电子商务的快速发展，其暴露出来的问题也越来越多，目前跨境电子商务的发展中主要存在以下问题。
(一)产品同质化严重
近几年跨境电商的迅速发展吸引了大量商家涌入，行业竞争加剧。一些热销且利润空间较大的产品如3C产品(计算机类、通信类和消费类电子产品三者的统称，亦称信息家电)及其附件等，产品同质化现象严重。各大跨境电商企业之间市场竞争十分激烈，尤其以价格竞争为主要手段，尝试着在发展初期快速抢占市场份额。产品同质化严重，价格的恶性竞争，直接导致传统产品从“蓝海”快速跨越到“红海”。
(二)缺乏品牌建设
中国跨境电商能发展起来很大程度上是源于中国制造大国的优势，能够以价格低廉的产品吸引消费者。目前跨境电商行业很多产品都是从一些小工厂出货，包括一些3C产品、服装等，产品质量控制相对来说还有一定的问题。
(三)通关壁垒
尽管基于互联网的信息流动畅通无阻，但货物的自由流动仍然受到关境的限制。对于各关境而言，对小额进出口货物的管理本身就是一个复杂的问题:完全放开小额进出口，不利于关境控制，容易给国家(地区)造成损失;而对小额进出口管制过严，必然会阻碍产业的发展，也会导致更多不通过正规途径的地下交易出现。
(四)跨境物流滞后
作为整个产业链中的上下两环，线上商品交易与线下货物配送两者的发展必须相辅相成，而当前跨境电子商务的快速发展却让国际(地区间)物流运输渠道措手不及。跨境电商情况比较复杂，且各国(地区)间政策差异较大，很难像内贸电商那样通过自建物流的方式来解决物流问题。跨境电商的物流周期是非常长的，到美国和欧洲一般要7~15天，到南美洲、俄罗斯更长，一般为25~35天，跨境物流存在滞后。
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