日本在跨境贸易方面制定了一系列的法律法规，包括《外汇及对外贸易管理法》、《进出口交易法》、《贸易保险法》和《日本贸易振兴会法》等，根据有关进出口的法律，日本政府还颁布了《输入贸易管理令》和《输出贸易管理令》，日本经济产业省则颁布了具体的《输人贸易管理规则》和《输出贸易管理规则》。
《外汇及对外贸易管理法》规定日本的对外交易活动可自由进行，政府部门仅在必要时采取最低限度的管理和调控。《进出口交易法》允许日本的贸易商在价格、数量等贸易条件方面进行协同以及结成诸如进出口协会之类的贸易组织，必要时政府可以通过行政命令对外贸进行调控。该法同时确立对外贸易的秩序，以实现对外贸易的健康发展。在此基础上，日本政府制定可《输人贸易管理令》和《输出贸易管理令》对货物进行具体分类加以管理。
日本政府于2000年6月发布了《数字化日本之发端行动纲领》(E-Japan Initiative: Action Plans)。该行动纲领针对电子商务制定了相关的政策，核心是建立高度可靠的互联网络商业平台，其中对电子商务的发展趋势、如何构建电子认证系统、界定网络服务提供者的责任、推进跨境电子商务以及网络域名等问题进行了细致的分析论述，并对比欧美的做法提出适合日本国情的建议。该行动纲领指出,为了发展跨境电子商务，除了要解决语言、税收、汇率等问题之外，重点要明确电子合同具有法律认可的效力，合理解决跨境贸易中的合同纠纷。同时，为了克服在语言、司法管辖、适用法律等方面的障碍，该行动纲领建议草拟出适合跨境电子商务的格式合同文本，并建立不同于司法审判的其他更为便捷的纠纷处理机制。
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