安全是航空业的第一考虑因素，在严苛的航空运输标准下，空运事故率很低，约在百万分之一以下。随着跨境电商碎片化订单的增多，单票货物项下品类繁杂。普货和含电池类的危险品经常无法有效区分和正规操作，不规范的货物包装及操作流程，将会对航空货运的安全构成威胁。
根据国际航空运输协会(IATA)发布的《危险物品规则》中关于锂电池操作的规范，航空公司带电产品都会被强制要求做UN38.3检测认证。认证价格不低，而且如果是混装，那么不同型号带电产品就需要做若干次认证。国际运输对每类危险品都有相应的严格操作规范和流程，被列为危险品的货物，必须由经过专业培训，具备危险品承运资质的货运代理人操作。大部分3C带电产品、带磁性电子元器件、喷雾状/液体化妆品、易燃易爆性等产品，都需要经过特殊包装及鉴定处理之后方可收运。大宗贸易出口，基本上整票单一品类货物的重量按吨计，那么货主和货运代理完全可以按照操作规范来整票统一安排。跨境电商货物品类千差万别，大量零散包裹中普货和危险品掺杂，要区分出来单独进行规范操作变得十分困难。
通常空运仅接受规定范围内的内置锂电池货物，纯电的包装和标识另有要求，二者的申报流程也有所差异。近两年ICAO和IATA禁止利用客机托运锂电池，通过货机运送要严格按 DGR规范进行包装，放在专门运送危险品的特制箱中，若包装不妥，则在运输途中也可能会因磨擦而起火。危险品的运价高于普货，空运价大概分为两类:仅限货机运输 CAO( Cargo Aircraft Only),价格较高;可客货机运输PAX，比普通货物运费高，低于CAO价格。境内提货集货到广州或深圳再过港装机，报价中会多出危险品费用或其他名目的过港费。危险品出口偏远国家或非中心城市，可能没有全货机航线可以抵达和出发，不得不进行周折转运。另外，有的航空公司的不同航空线对带电产品的查验率不同，这时不排除有些卖家和货运代理人，为了缩减运费和简化流程而存在瞒报、误报的现象。虚假瞒报是违反危险品安全管理条例的，货运代理人瞒报危险品，不仅会受到相应的经济处罚，甚至会被吊销牌照。除了部分货运包机，在操作层面上，现阶段内地机场尚无一个合理有效的通关和安检举措来规范带电包裹的正规出运。
运输安全是国家安全治理的重要部分，海关、邮政、公安、商务部等政府部门对寄递行业的监管，收货验视、发货实名制、过机安检、安全生产、违禁稽查等要求，已大幅提升了市场的安全规范性，针对快递网点、小包仓库和货场，安检逐渐成了一个硬性的配置要求。发货前物流公司要进行安全审核与单证确认，验视包装、内件及标签。国外也有类似制度，如美国对运输烟草产品有严格规定。常见危险品可发海运，船公司有时对纯电池、易燃易爆、腐蚀品等危险品不接，对于铅酸、镍氢、锂电等带电产品、粉末、电磁、气体、液体及易燃剂等货物，则要求出具相关认证，普通仓库对此类产品也不好保存。非锂电池，要想空运，需要先被鉴定是否属于危险品，之后根据鉴定结果决定是否安排运输。带磁性货物不属于普通货物，磁场的干扰可能影响飞行安全，所以带磁性的货物必须出具磁性检测报告，磁性报告是一次性报告，不能多次使用，必须在货到机场现场测量后才能做。
