1.资金不足
一般情况下，跨境电商的出口批次较多，且一次性交易规模小，而小微外贸企业的运营成本不高，适合发展跨境电商。然而，因为跨境物流还未形成完整的体系，运行效率较低，商品从发货到最后的结汇环节，需要经历漫长的过程，同时，结汇中要扣除一定比例的手续费用，经营方必须先行垫付，要消耗很多资金。
另外一方面，国际汇率一直不稳定，人民币升值会导致企业需要投入更多的资金，加剧了企业的资金紧张。除此之外，世界各个国家与地区都在进行经济改革，导致原材料价格水平提高，聘用人才也要投人更多的成本，这些因素都导致企业资金不足。
然而，小微外贸企业因为规模不足，结构不完善，很难从银行获得大规模的资金支持，很多企业为了维持运营，不得不向不正规的金融组织寻求帮助，却给企业的后续发展造成阻力。
2.在海外拓展中遇到很多阻力
跨境电商能够通过网络平台在世界范围内实现各种商品的交易，从企业发展的角度来分析，无论是品类的筛选，还是定位环节，都是不可忽略的。
一般情况下，小微外贸企业的创建者在企业运营之前就在外贸流通领域有过从业经验，对其发展规律比较了解，在早期发展阶段能够获得原有客户的支持，然而，在企业的后续发展中，还需要进行新客户的开发。
但是，小微外贸企业的商品一般不具备多样化特点，某些跨境电商交易平台在其商品营销中发挥主导作用，企业本身没有独立的推广途径，开拓海外市场的能力也十分有限，容易遇到瓶颈。
3.创新能力低，售后服务体系不完善
小微外贸企业缺乏雄厚的实力，且创新能力较低，面对激烈的竞争，以跨境电商模式运营时，往往会抱着侥幸心理，经营那些利润空间大、质量方面没有保证的产品，比如伪造的名牌产品。发展到最后，企业会因为相关法律问题，比如遭到消费者投诉、线上店铺被关闭等原因，造成企业的线上运营被迫停止，客户转向其他公司。
另外，在跨境电商的运营过程中，经营者与消费者之间唯一的联系途径就是线上平台，企业所在地与顾客之间可能跨越重洋，如果企业在售后服务方面缺乏积极主动的态度，服务体系就会愈加不够完善。
4.物流损失较大
对发展跨境电商的企业而言，实现跨境物流的途径并不多，国际航空虽然节省时间，但价格昂贵，成本消耗大，交易价格也会水涨船高，可能使小微企业在竞争中处于不利地位。在这种情况下，邮政小包因为价格低廉、覆盖范围大而成为众多跨境电商经营者的选择。
调查结果显示，通过邮政方式寄出的货物高达七成，然而，邮政物流效率较低，很多货物会在运送途中丢失，并且大多数还是以个人名义寄送到海外的，给海关管理造成很大困难，由于难以获得出口退税方面的优惠，在一定程度上给小微企业带来更多的成本消耗。
5.人力资源短缺
跨境电商的成长速度非常快，导致小微企业可能出现人力资源短缺的问题。其原因，一方面，跨境电商领域需要从业者具备较高的专业能力，对电商行业、海外贸易、产品销售方面都有所把握，而小微企业本身存在结构组织不完善、薪资水平不高的问题，对优秀专业人才的吸引力较低。
另一方面，跨境电商领域在创业方面门槛相对要低一些，很多从业人员只是在相关公司里工作一段时间，待自身的能力及其他条件具备之后，就自己尝试创业。所以，小微外贸企业很难留住优秀人才。
