支付安全是任何第三方支付平台都无法忽视的关键问题，而且多数第三方支付平台本身就是为解决线上支付安全问题而诞生的。这一点对PayPal来说亦是如此。从上面提到的支付流程上，可以看出PayPal平台系统的一个主要功能，就是在买卖双方之间构建一个安全的信息流通和线上支付渠道。
在PayPal等第三方支付平台出现之前，买家若要使用信用卡进行线上支付，需要直接在商户页面中输入个人信用卡卡号等敏感信息。这种无防护的支付形式，造成了极大的信息安全隐患，使消费者对线上支付安全问题充满担忧，十分不利于电子商务的深化发展。
PayPal等第三方支付平台的出现，为交易双方关心的线上支付安全问题，提供了最佳的解决方案。买方无须在无防护的商家页面中输入自己的信用卡或银行卡信息，而是可以通过PayPal账户，在PayPal平台的支付页面中输入商户或收款人的邮件地址，就可以完成支付操作。这就极大保障了用户的信用卡、银行账户等敏感信息的安全性，使人们可以更加放心地进行线上支付。
另外，作为全球第三方支付业务的领先者，PayPal还通过以下措施进一步保障用户线上支付的安全性：
（1）对注册用户账户的验证
虽然PayPal的用户账户包括个人账户、高级账户和公司账户三种类型，但无论哪种账户，在注册时都需要关联一个信用卡或银行卡账号。之后，PayPal会对注册用户提交的银行账户进行验证（绑定的银行账户是否可用、账号信息与用户的身份信息是否一致等）。
验证形式分为两种：若注册用户在美国国内，就采用随机存款的方式进行验证。即PayPal向新注册用户的账户内随机转入两笔小额存款，两到三个工作日后，用户就能查看这两笔存款的数额，然后需要将该数额作为其账户的激活码来激活账户，从而完成身份验证。
若注册用户在美国以外的地区，则使用预先存款的形式进行验证。即新注册用户首先需要通过关联的银行账户，将1.95美元的资金转存到其PayPal账户中；然后借助在线访问、银行账户对单等渠道，获取一个四位代码；最后用户需要在登录PayPal账户时正确输入这个四位代码，从而激活自己的PayPal账户。而验证时预存的1.95美元，则可以用于线上购物。
（2）安全技术的保证
作为国际领先的第三方支付平台，PayPal也在不断优化升级平台系统的安全技术，为在线支付提供最大限度的安全保障。例如，PayPal公司在全球拥有2000多名技术专家，专门负责检测和控制在线交易的安全性及正常运转等问题；使用先进的SSL（SecureSocketsLayer,安全套接层）技术，保障交易双方的信息安全。
（3）提供了安全交易的政策
PayPal还为用户提供了一系列的安全交易保护政策，包括买方保护和卖家保护政策。例如，当买方没有收到商品或者收到的货物与网上描述不相符时，可以向PayPal进行申诉，PayPal平台则会向买家提供退款担保服务。借助这些安全交易保护政策,PayPal降低了交易双方的安全顾虑,推动了线上交易的顺利进行。
