由于基于互联网平台的网络支付流程与传统的支付过程类似，因此在处理网络支付时借鉴了很多传统支付方式的应用机制与过程。如果熟悉传统的支付方式，如纸质现金、纸质支票、POS机、信用卡等方式的支付过程，将有助于对网络支付流程的理解。
其基本应用流程可描述为以下几个步骤。
（1）客户连接互联网，通过浏览器进行商品的浏览、选择和订购，填写网上订单，然后选择应用的网络支付工具，并且得到银行的授权使用，如信用卡、电子支票、电子钱包、电子现金或网络银行账号等。
（2）客户对相关订单信息，如支付信息进行加密，在网上提交订单。
（3）商家服务器对客户的订购信息进行检查、确认，并把相关的、经过加密的客户支付信息等转发给支付网关，直至银行专用网的银行后台业务服务器确认，以期从银行等电子货币发行机构验证得到支付资金的授权。
（4）银行验证确认后，通过建立起来的经由支付网关的加密通信通道，给商家服务器回送确认及支付信息，为确保进一步的交易安全，会给客户发送支付授权请求（也可无）。
（5）银行得到客户传来的进一步授权支付信息后，将资金从客户账户转拨至开展电子商务的商家银行账户上，借助银行专用网进行结算，并分别给商家和客户发送支付成功信息。
（6）商家服务器收到银行发来的支付成功信息后，给客户发送网络付款成功信息和发货通知，至此，一次典型的网络支付流程结束。商家和客户可以分别借助网络查询自己的资金余额信息，以进一步核对。
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