当前跨境电商物流费用占交易总额的20-30%，整体物流成本较高。事实上，相对于国内快递业的物流成本率(一般占客单价的5%以下)，跨境电商物流费用在整个跨境电商成本中的比例要大得多。
造成这种情况的原因主要有以下几点：
1、环节多，流程复杂：
直邮和海外仓两种模式均涉及国内首次，包括：商家或物流商取件；境内仓库的入库、验货、分类、贴标、订舱和打包；国内报关；以及通过海运或空运将货物运往目的国家。
直邮模式下，直邮模式由当地物流商或国际物流公司承接，以后端仓方式，在海外仓进行入库、验货、上架、库存，待客户下单后，由仓库进行尾程配送，然后再由当地物流公司承接。与此同时，海外仓还可以提供退换货、客户服务等增值服务。
2、直接受到海外关务、税收政策的影响：
无论是直邮方式还是海外仓方式，跨境商品均需通过外国海关的通关程序，并按规定缴纳相关税款才能合法在海外销售。跨境电商物流系统直接面临着来自国外的监管和法律风险，同时也会受到国际政治经济形势变化的影响。比如，英国退欧后实施的新税法中的延迟增值税制度，将直接影响到相关物流企业，如需要由货代或清关行承担的货物流转连带责任。
3、运输主体和形式多样，缺乏贯穿整个链条的资源整合：
运输主体、直邮模式可能涉及邮政公司、国际快递公司、货代公司或国内具有跨境物流业务的快递公司、航空或船运公司、商业清关公司以及出口国当地的快递公司。境外仓模式比直邮模式更多的是第三方海外仓服务商或者自建仓。跨国界电商物流的主体和流程复杂多样，造成资源整合难度大，缺乏有效贯穿上下游的资源整合者为客户提供端到端的跨境电商物流服务。
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