1.物流成本相对较高
在我国跨境电商物流的发展过程中，基础设施不完善及体系不完整，物流的成本较高。根据相关资料得出结论:从成本来看，我国跨境电商物流的成本远远高于其他国家甚至国际标准。跨境电商物流需要考虑的问题多而复杂，涉及国内物流、国内海关、国际运输、国外海关、国外物流众多环节，在实际操作中风险很大，因此，在一定程度上大大增加了我国跨境电商的物流成本。
如果跨境电子商务物流能够稳定运行，不仅需要建立一个完整的跨境物流网络，还有必要将跨境货物的关税、商品检验、快递等成本分类到考虑范围内。目前，我国跨境物流的运输过程比较麻烦，导致我国跨境物流耗费成本是运输总成本的30%到40%。在国内外物流、国外海关检查等众多交通环节中，海关和商检也存在很大的操作难度和一定的风险。因此，为了解决我国跨境物流成本高的问题，有必要进一步完善相关政策措施。
2.跨境物流周期长
跨境物流的产业链和环节包括国内和国际物流和海关运输。中间环节太多、物流周期太长，导致顾客不能及时收货，因而消费者对跨境电商物流存在消极的主观印象，这影响消费行为的发生。然而，物流周期长是不可避免的，跨境电商固有的特点也对物流的中心环节起着决定性的作用。不仅如此，由于海关和商检的时间较长，我国跨境电子商务物流导致物流周期长。
3.退货和换货物流实现困难
在我国跨境电商的发展过程中，由于其涉及的环节较多，在每个环节都会产生相对应的退换货情况，而跨境物流周期长导致隐藏和存在多种风险，货品的丢失、海关和商检的风险、错误的配送地址等问题大大制约了退货和换货。再者，在我国跨境物流中缺乏完善的退货通道，难以实现退换货。
目前，进口的跨境电子商务模式是直邮(如亚马逊、天猫国际等)、保税仓库(Costco、跨境平台卖家等)，海淘转运直邮和保税仓库模式大多基于 B2C，海淘转运代购以B2C为主。其中，海淘代购转运的方式在转运公司发货之后就不能再退货。由于转运公司普遍没有返程情况、国际运费一直都很高，如果想要退换货，就必须和转运公司进行协调配合。不管是时间成本还是资金成本都十分昂贵，消费者在考量之后就不会再坚持退货。
4.物流信息难以实现全程追踪
在我国国内物品的物流运输中，对包裹从下单到收货的全程追踪已常态化，是对商家最基本的要求。由于跨境电商物流地区广，不能做到每个跨境物品的全程追踪，在国内，信息追踪可以实现，而当包裹出境后，由于信息水平的限制，很难对其再进行继续追踪。虽然目前在一些发达国家可以实现全程追踪，但在信息化程度不高的国家难以实现，大大制约了跨境交易及跨境物流的发展。这是由于电商物流企业无法与其他国家物流企业构建起物流信息共享网络，所以对出境的货物进行全程追踪服务很难实现。
5.我国跨境电商物流政策支持力度不够
最近几年，我国政府部门相继颁布了《关于实施支持跨境电子商务零售出口有关政策意见的通知》《国务院办公厅关于促进跨境电子商务健康快速发展的指导意见》《关于跨境贸易电子商务进出境货物、物品有关监管事宜的公告》等促进跨境电商物流发展的相关政策。由于跨境电子商务出口在交易方式、货物运输、支付结算等方面与传统贸易方式差异较大，现行管理体制、政策、法规及现有环境条件已无法满足其发展要求，主要问题集中在海关、检验检疫、税务和收付汇等方面。虽然我国对跨境电商的发展出台了一些政策，但这些政策主要针对规范跨境电商市场的发展，对从事跨境电商物流的企业并没有针对性的政策扶持，与发达国家的政策扶持还有较大的差距。
