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生物识别有其自己的特点，在具体的生物类别上还会产生不同特性，这些特性往往存在着一些准确性方面的障碍，因此，生物识别系统以及生物识别技术在某种程度上也会具有一定的局限性。

①信息的局限性（information limitation）。每种生物特征只能够表达一定量的信息，这些信息往往可以通过指纹技术来进行获取。

②特征描述的局限性（representation limitation）。最为根本和最为理想的信息技术涵盖了许多区间信息，这些区间信息能够完整表达一些信息量，如果信息量判断出现错误，就会产生一些根本性的问题。

③缺乏恒定性（invariance limitation）。最为理想的配置应该能够适应多种模式发展，但在实际的配置过程当中往往会因为无法适应新的训练模式，而导致各种错误的存在和产生。