(一)竞争风险
一方面，在国内，经过多年来的发展，跨境电子商务的商业模式已没有太多秘密，除了贸易型卖家的不断涌入外，国内电子商务转型跨境电子商务的卖家，传统制造业、传统外贸企业拓展到跨境电子商务领域的卖家也不在少数。卖家、平台的扩张速度，超过了跨境电子商务行业总量的增长速度，红利逐渐消失，市场份额被稀释，利润率水平降低，从而会出现小卖家无单，大卖家无利润的现象。
另一方面，在国际上，中国卖家越来越感受到其他国家卖家的竞争。中国跨境电子商务出口的产品多是低附加值、低客单价的低端制造产品，而随着国内劳动力、土地、原材料等生产资料成本的上涨，再加上流量成本和物流成本的上升，中国产品的价格优势正在逐渐消失。反而东南亚、南亚诸如印度、泰国、越南等国，得益于低廉的劳动力价格，正在成为一些跨境电子商务平台招募卖家的对象，为其遍布全球的买家提供价格更低的产品。
(二)汇率风险
对于跨境电子商务而言，汇率波动带来的影响不容小觑。例如一年的交易量是100亿元人民币，按5%汇率波动幅度计算，就有5亿元的利润风险存在，它可能会吃掉整个企业一年的盈利，甚至可能会让企业亏损。从订单到采购、发货再到支付资金，这个客观存在的时间差所产生的汇率变动，会给商品定价带来困难。特别是中小企业，将会面临价格竞争与汇率波动的双重压力，稍不注意就有可能在市场整合中被淘汰出局。
(三)世界经济发展不平稳
全球经济依然脆弱。主要发达经济体中，美国经济会继续温和增长。一方面，欧元区经济在石油低迷、欧元贬值以及量化宽松政策刺激下，经济增长有所加快，但需求不足的问题突出，增长后劲不足，加上英国脱欧、难民潮，右翼势力增强，欧洲经济仍会回升受阻。另一方面，多数新兴经济体和发展中国家经济增长也会呈明显放缓的趋势。另一个值得警惕的是以美国为代表的“逆全球化”升温，各种隐性或显性的贸易保护政策和措施出台，多边贸易体制的权威性受到严重削弱，这对于尚在成长期的跨境电子商务绝对不是一个好消息。
