跨境电商也是一把“双刃剑”，可以说是优势与劣势并重，机遇与挑战齐飞。目前，横亘在跨境电商中间的，还有许多没有解决的难题。
1.在线支付需要安全环境
电子支付是国际电子商务进行的必要条件，也是交易得以实现的重要环节。如果没有第三方支付，就没有电子商务产业的今天。跨境电子商务也离不开第三方支付。因此，第三方支付的国际化已然成为占领未来消费者市场的重要条件。
目前，海外买家欺诈是中国中小外贸商户的心头大患。对于交易安全问题，有调查显示，一半以上的受访商户表示担心与海外客户交易时遭遇欺诈，27%的商户担忧他们现在使用的支付系统在进行跨境交易时不够安全，此外，25%的商户认为未来三个月内海外买家拒绝支付的风险将增加。
2.物流难题成跨境交易短板
从中国发货到全球，一般至少需要 7~15 天，有的甚至要1个月。目前来看，从中国发货到全球的物流模式，还是粗放式的。我国的跨境电子商务，还是主要以低廉的价格来赢得客户，而昂贵的物流对跨境电子商务而言是一个很大的挑战。只有改善物流，才能掌握竞争的主动权；也只有这样，在这个行业中才能出现真正与国际一流电商相抗衡的中国企业。
3.从“中国制造”到“中国创造”
从一些电商平台分析出的数据来看，我国跨境电子商务所出售的产品，大多是配件类的商品，所卖的多数是边缘化、非主流的东西，靠这样的产品来赢得客户，通过价格优势获得市场。但是随着行业不断发展，高质量的产品和更好的服务才是竞争的核心。从长远来看，品牌化的创建才是中国制造商的未来之路。中国制造商必须拥有自己的设计和内涵，代表中国的形象，这才是品牌化的道路。怎样从“中国制造”走向“中国创造”是跨境电商们要着重思考的问题。
4.税收及仿货
一方面是税收：跨境B2C交易金额有一定限制，超过规定额度需缴纳关税；而海外买家使用Visa和MasterCard 信用卡完成的交易无法进行核销退税。收款和结算之间存在一定的时间差，卖家可能面临汇率的波动或损失。
另一方面是仿货：B2C平台因产品数量多，产品审核压力大，尽管各平台会加大仿货、知识产权的控制与审核，但一旦存在仿货交易，可能面临被投诉以及海关查验没收的风险。
5.跨境电子商务人才缺乏
与在国内利用电商不同，跨境电商支付、物流等要复杂得多，中小外贸企业在发展电商时也面临诸多风险。我国中小外贸企业由于规模小、实力不强、发展空间小，难以吸引相对紧缺的技术高、能力强的高级电子商务人才。而电子商务人才短缺，严重阻碍我国中小外贸电商的发展。
