首先，跨境电子商务涉及若干个部门，有卖方企业、买方企业、海关检验检疫等监管机构、电商服务平台、物流等服务企业、国家外贸管理机关、外交等议事协调机构等。一旦有侵犯知识产权的案件发生，谁应当主动地去保护知识产权?就跨境电子商务来说，是政府、企业，还是电商平台?也许，它们中的任何一方来负责都不为过，都能找出切实合理的理由来。首先就政府而言，它确实有义务进行这样的保护，因为这是一个早期投入较大且不能详细汇报的工作，政府应该有效利用纳税人的资金来决策这个公共投入，况且它还可以使用行政、立法等权限来扩大影响力，政府来做这样的事似乎再合理不过了。
另外对企业来说，它开发生产了产品，理应对此负责，而不应牺牲别人的利益来保全自己的权益，理应设立协定来维护彼此关切的利益，只有这样才能保护每个人的利益，让每个参与者都因自己的付出而有所偿。所以，知识产权的保护是每个企业主体的事。
电商平台也是跨境电子商务的一个重要参与者，是一股不可小觑的力量。在一次贸易中，它可以把自己定位为一个服务者，为两方的企业提供牵头搭线、合同担保、结账结汇等服务;同样平台可以把自己定位为一个管理者，可以像国家相关机构一样，成立很多个部门，严格把控交易的每个流程，对经过自己平台的每一单业务负责。从这个层面来说，让电商平台对跨境电子商务知识产权保护负主要责任一点也不为过。
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