按照交易主体划分，跨境电子商务可以分为B2B(企业对企业，Business to Business)、B2C(Business to Customer,企业对客户)、C2C(Customer to Customer，客户对客户或个人对个人)等多种模式，并衍生出了许多新的类型。常见的模式如下。
(一)B2B模式
B2B(Business to Business)跨境电子商务是指不同国家或地区“企业”间的电子商务交易模式，即各国企业与企业之间通过互联网进行产品、服务及信息的交换。
B2B模式交易次数少，但单次交易金额大，适合企业与供应商、客户之间大宗货物的交易与买卖活动。另外，B2B模式交易对象广泛，它的交易对象可以是任何一种产品，即中间产品或最终产品。因此，目前世界上大部分的电子商务交易是在企业之间通过B2B模式完成的。对于我国跨境电子商务或外贸企业来讲，由于国际贸易中绝大部分交易都是企业与企业之间的大宗交易，所以从交易额上来看，B2B模式占据主导地位。
(二)B2C模式
B2C(Business to Customer)跨境电子商务是指一个国家或地区的企业通过国际互联网络向另一个国家或地区的客户(通常指直接消费者、小客户或是个人客户)提供商品或服务的商务活动。它是一种电子化的零售模式，采用在线销售，以网络手段实现境内企业为境外公众提供消费品和服务，并实现与其相关的付款方式电子化。如我国企业利用易贝、速卖通、亚马逊等中介型平台直接把产品销售给国外消费者。这种模式越来越受到跨境电子商务企业或卖家的重视，所占份额逐渐增加。
(三)C2C模式
C2C(Customer to Customer)跨境电子商务是指一个国家的个人通过国际互联网络向另一个国家的个人(客户)提供产品或服务的交易，这种模式通常是通过C2C电子商务平台来完成的，比如国外知名的网站易贝。
从运营的角度看，通过第三方平台的C2C模式和B2C模式的流程几乎是一样的，区别仅在于卖家一个是企业，一个是个人。由于C2C模式门槛较低，卖家众多，管理难度较大，带给买家的体验感在逐渐下降，因此各个平台都对这种模式进行限制，导致这种模式在跨境电子商务中所占的份额较小。
(四)M2C模式
M2C模式是这几年新提出的一种模式，即Manufacturers to Customer(生产厂家对消费者)，生产厂家(Manufacturers)直接为消费者(Customers)提供自己生产的产品或服务的一种商业模式。这实际上可以看作B2C的一种特殊形式，即这里的B是Manufacturers。另外，与M2C几乎同义的一个模式是 F2C，即Factory(工厂)to Customer。随着许多生产厂家直接参与到跨境电子商务中，M2C或F2C的模式也越来越常见。
(五)B2B2C
B2B2C 是英文“Business to Business to Customer”的简称。第一个B指广义的出口方(即成品、半成品、材料提供商等)，第二个B指交易平台，即提供出口方与进口方的联系平台，同时提供优质的附加服务(如客户管理、信息反馈、数据库管理、决策支持等)，C指进口方。在国内，这种模式的典型例子是京东，京东既有“自营”货品，又有招商入驻的“店中店”，“店中店”即属于B2B2C模式。在跨境电子商务中，亚马逊、沃尔玛等平台都有这样的运营模式。大部分情况下，也可以把它看成B2C的一类变种。
