尽管B2B和B2C 电子商务模式以及其他电子商务模式有一些共同的特点，但是B2B有其本身独特的地方。主要的原因是B2B的客户行为是由独特的动机驱动的，与其他类型的客户很少有共同之处。具体来讲，以下几个方面体现了跨境B2B电子商务的独到之处。
(一)跨境 B2B 电子商务单笔交易金额一般较大
企业单笔的采购金额一般都比一个消费者的采购金额大得多，尤其是在跨国交易的情况下，为了降低昂贵的运输、保险、报关报检、沟通等成本，企业倾向于大额交易。虽然目前国际订单有小额化、碎片化的趋势，但是总体上还是比B2C的金额大得多。
(二)跨境B2B 电子商务的进出口双方做决策时都比较理性
由于国际贸易的风险要比国内贸易大很多，涉及的金额又比较大，通常跨境交易者在做决策时都非常谨慎，比国内的B2B买家或B2C的消费者花更多的时间和精力来研究对方的信息，很少会出现“冲动合作”的现象，否则可能导致巨大的损失。
(三)跨境B2B交易更期望建立长期业务关系
跨境 B2B 进出口双方更热衷于建立长期的合作关系，因为企业在选择一个值得信赖的国外供应商的过程中投入大量精力和成本，更愿意与已建立的伙伴保持牢固而稳定的关系，长期合作，这是跨境B2B电子商务的核心价值之一。相反，国内B2B或B2C进出口双方的业务关系保持时间则明显缩短，尤其是跨境B2C交易，它们大多是“一锤子买卖”。
(四)跨境B2B电子商务定价波动较大
在价格的确定上，跨境B2B没有固定的价格，因为价格取决于运输成本、采购数量、付款条件等，而不同国家的客户、不同数量的订单、不同时间的订单需要具体情况具体分析，必须有针对性地制定价格。而跨境B2C 或者国内B2B 电子商务，由于其运输成本和付款条件等相对是固定的，因此价格变化幅度不是很大，可以做到大部分情况下以固定的价格达成交易。
一般而言，跨境B2C消费者通常在线直接支付;国内B2B交易既可以在线完成支付，也可以线下完成交易，流程比较简单。但是跨境B2B 进口方更加关注资金的安全和对交易风险的掌控，因此，可能会选择汇付、托收以及信用证等方式结算。虽然目前有平台能够提供在线结算，但是一般仅限于小额的B2B交易，大额的B2B交易还是以传统的结算方式为主。
(六)跨境 B2B交易更加关注运输的成本和交货时间的可控性
跨境B2B交易一般体量较大，作为进出口双方更加关心运输成本，对运输速度的关注则次之。当然跨境B2B交易也比较注重交货时间的可控性。比如美国采购商每年6、7月就开始做圣诞节产品的采购计划，以保证在12月初或中旬能够将货物交到终端零售商手里。但是跨境B2C的消费者可能在12月初或中旬才做出购买决策，他们更关心的是他们订单的交货速度是否能够赶上圣诞节。另外，跨境B2B交易的运输以海运、铁路运输和一般的空运为主，而跨境B2C交易则大部分通过跨国邮政系统和国际快递来完成运输。
