关务筹划原则是从关务筹划实践中抽象出来并在实践中证明是正确的行为规范，它反映着市场经济规律对企业关务筹划活动的内在要求，是适应关务筹划环境、目标和条件的行为准则与行为指南。关务筹划原则在关务筹划理论体系中，并不是居于最基础的层次，而是建立在关务筹划目标基础之上的工作规范或规则。同时，关务筹划原则对关务筹划人员选择关务筹划程序和方法具有重要的指导作用。因此，只有建立了正确的关务筹划原则，才能有科学的关务筹划程序和方法，也才能有健全的关务筹划实务。在关务筹划过程中，我们应遵循的原则主要有以下几种。
1.合法原则
关务筹划可达到控制进出口成本，使进出口商的合法权利得到充分享受和行使，实现企业价值最大化的目的。关务筹划必须以不违反国家现行的海关法律、法规为前提,否则,就构成了走私违规行为。以走私违规行为进行的所谓“筹划”，不但不能获得长期稳定的节税收益，还将会面临查处、罚款甚至追究有关当事人刑事责任的严重处罚，给进出口商带来不良的经济、社会和法律后果。真正的关务筹划活动，因为遵循合法性原则，所以可以实现预期的利益目标。关务筹划的合法性要求进出口商熟悉或通晓海关法律法规，并能较为准确地掌握合法与违法的界限而不会越轨。
2.系统原则
系统是一个有组织的、一元化的整体，它包括两个或两个以上的独立部分或元素。系统理论认为，组成系统的各个部分是相互联系、相互依存、相互制约的，从而形成一种稳定有序的状态。根据系统理论，关务筹划是一个相对独立的系统，企业在进行关务筹划时，应着眼于企业整体税负、成本的降低，不能只盯在某科进出口商品的税负的高低上，孤立地对单个进出口商品进行筹划。因此，应该一方面考虑企业所涉及进出口商品的税负最低，另一方面要考虑企业在进出口环节通关效率的提高、通关时间的降低，只有这样，企业才可能在整体上降低税负、成本，从而最大地实现进出口收益。
3.经济原则
关务筹划可以减轻企业的税负，增加企业股东权益，但同时又会耗费一定的费用和精力，导致企业相关成本的增加。
例如，关务筹划是一项技术性很强的工作，要求筹划人员不仅要精通财务、会计、管理等业务，还要精通国家有关海关税务的法律、法规及其他相关的法律、法规。因此，企业在关务筹划前需要进行必要的关务咨询，还需要聘用专业的关务专家为其策划，或直接购买关务计划。所以，关务筹划和其他财务管理决策一样，必须遵循成本效益原则，只有当筹划方案的所得大于支出时，该项关务筹划才是成功的筹划。同时，因选择该筹划方案而放弃其他方案造成相应机会成本收益的损失也应予以重视。
