一般外贸代理公司会在收到国外汇款后通知外贸SOHO，然后根据外贸SOHO的指示将款项支付给工厂或者第三方(提供垫资的代理方式除外)；外贸代理公司在最后结算的时候会要求外贸SOHO提供全额的增值税发票，不能提供增值税发票的，由外贸SOHO承担这部分不能退税的后果。
大部分外贸代理公司提供垫付退税的服务，但要求以收到全套单据为前提。这部分单据中和外贸SOHO有关的主要是增值税发票和国内购销合同，增值税发票可以让供应商提供，国内购销合同可以自行制作后让工厂盖章，然后和增值税发票一同寄给外贸代理公司。 其他单据(如报关单、 核销单等)，如果外贸SOHO自行安排货代出口报关，则有义务协助外贸代理公司在货物出口后取得这些单据，如果由外贸代理公司安排货运出口报关，则由外贸代理公司自行取得。
大部分外贸代理公司在取得核销退税需要的单据后(核销单大概在报关后一个月内退回，不同港口的时间会略有差异)，会和外贸SOHO结算，垫付退税给外贸SOHO。
外贸代理公司和外贸SOHO结算一般有三种方式： 第一种，外贸SOHO如果跟工厂关系好的话，可以从工厂结算(不建议外贸SOHO采用)；第二种，如果不想让工厂知道利润，凭有效票据到外贸公司结算，利润打入票据显示的账号内(有效票据可以由你开，也可以由代理公司开，但都是要缴税的)；第三种，以佣金的形式打到国外去(一般是离岸公司账户)。
一般外贸代理公司在给外贸SOHO结算利润的时候会要求外贸SOHO提供发票，有的外贸代理公司会扣利润额的几个点，然后将利润打入外贸SOHO的个人银行账户。注意：一般代理协议书上不会写利润是如何支付的，这是市场行规。
如果外贸代理公司不能直接将利润打入外贸SOHO的个人银行账户，建议不要与其合作。当然，如果你有离岸公司银行账户的话就另当别论了。
