电子报检是指报检人使用电子报检软件通过检验检疫业务服务平台将报检数据以电子报文方式传输给海关，经海关业务管理系统和检务人员的处理后，将受理报检信息反馈给报检人，实现远程办理出入境检验检疫报检的行为。电子报检的一般工作流程如下。
(1)报检环节。
①对报检数据的审核按照“先机审、后人审”的程序进行。企业发送电子报检数据后，海关总署电子审单中心按计算机系统数据规范性和有关要求，对数据进行自动审核。对不符合要求的，反馈错误信息；对符合要求的，将报检信息传输给受理报检人员。该受理报检人员进行再次审核，符合规定的将成功受理的报检信息同时反馈报检单位和施检部门，并提示报检单位与相应的施检部门联系检验检疫事项。
②出境货物电子报检后，报检员应按受理报检要求，在机构施检时交报检单和随附单据。
③入境货物电子报检后，报检员按报检要求，在领“入境货物通关单”时交报检单和附件。
④电子报检人对已发送的报检申请需要更改或撤销报检时，应另外发送更改或撤销申请，海关按有关规定办理。
(2)施检环节。报检单位接到“查验施检”信息后，按信息中的提示与施检部门联系检验检疫的具体事项， 如检验检疫时间、内容、地点等。在现场检验检疫时，持打印报检单和随附单据提交施检人员审核，不符合要求的，施检人员将要求企业立即更改，并反馈信息给受理报检部门。
(3)计收费。计费由电子审单系统自动完成，接到施检部门转来的全套单据后，对照单据进行计算复核。报检单位一般按月交纳检验检疫等有关费用，报检单位也可以逐票支付。
(4)签证放行。对于核准符合检验检疫要求的进出境货物海关按规定放行。
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