与代理出口相比，自营出口由于事必躬亲，流程更为复杂。目前国内通行的代理出口相当于厂家把货物卖给出口代理公司，代理公司以自己名义办理自营出口手续，出口代理公司的工作实际就是流通型外贸企业的自营出口工作。
信用证收款时自营出口流程如下：出口商与外商确定交易条件且同意用信用证支付后，外商先传信用证稿件给出口商确认，确认条款无误后，外商通知银行开具正本信用证，随后出口商收到当地银行信用证通知。若货物海关编码涉及出口许可证管理，出口商需先网上申报许可证数据，再领取许可证正本。
若货物涉及商检，出口商在九城电子申报系统申报报检资料，后至出入境检验检疫局递交资料并配合检查或检测，报检工作可委托报检行代办。与代理出口类似，自营出口在出货前一周左右，出口商联系货代确定运费、船期等信息后发订舱单确定订舱，货代订好舱位或货柜后发装船通知或入仓单给出口商确认出货。
订舱完成后，散货安排吨车送至出口监管仓库，柜货安排拖车装柜后送至码头。送货完成后，截关前出口商可委托报关行代理报关或自报，自报需先电子口岸申报报关电子数据再现场递交正本文件，货物放行后完成与船公司交接确保准时上船。货物通关上船后，货代会与出口商核对提单稿件，出口商根据信用证条款要求修改提单信息，核对无误后货代或船公司出具提单正本。
接着在信用证规定交单期内，出口商根据条款制作议付文件交给银行，银行审单无误后通知外商赎单并支付货款，出口商收到货款后在外汇管理局应用服务平台申报。银行议付后，出口商完成企业出口财务工作，准备好文件在次年 4 月 30 日前申请出口退税，先电子申报再现场递交资料，各地退税到账速度差异大，申请退税时还需做好单证备案。
若货物采购自其他供应商，出口商需申请退税调函，自产货物则无需调函，申请后供应商所在地税务局检查供应商交易与生产状况，确定无异常后退税才能正常到账。至此，信用证订单流程结束。电汇收款自营出口全局流程与信用证收款时类似，部分流程操作不同。
