针对跨境电子商务支付与结算的一系列风险，企业以及第三方支付平台可以采取以下措施来防范。
（1）汇率风险。对于汇率风险，跨境电子商务企业可以通过密切关注汇率变动、适当提高产品售价、适当储备美元等方式来应对，主要还是靠跨境电子商务企业树立品牌、保障产品质量来抵御，因为汇率波动不受个体企业的控制，跨境电子商务企业主要还是要靠挖掘自身潜力，修炼内功。
（2）外汇管制风险。对于外汇管制风险，因为当前我国对跨境电子商务的包容审慎态度，所以暂时还不会出台过分收紧的政策，中小企业仍然可以通过多个个人账户或部分银行的支持政策规避该风险。
（3）支付许可风险。对于支付许可风险，虽然部分跨境电子商务支付与结算企业获得了国家的认可和支持，但因为其中隐藏的风险因素，相关部门仍然有可能对相关跨境电子商务支付行业进行整顿。对于业务增长比较迅速的跨境电子商务企业来说，开立境外账户仍然是一种性价比不高但至少合法合规的做法。
（4）结汇成本风险。对于结汇成本风险，除汇率损失以外，结汇成本还包括结汇手续费等。因为各个跨境电子商务企业和跨境电子商务支付与结算企业之间复杂的竞争合作关系，致使两者之间往往关系微妙，收款和结汇等成本也随之波动。对于结汇成本，建议用户在绑定收款和结汇工具时，考虑其与所在平台之间的关系，以及该跨境电子商务支付与结算公司本身的规模大小。如果该跨境电子商务支付与结算公司与所在跨境电子商务平台之间是从属或者密切合作关系，且本身规模和影响力较大，则可以考虑用此方式收款、结汇。
（5）拒付欺诈风险。对于拒付欺诈风险，目前有效的应对举措是购买拒付欺诈险等保险。例如，敦煌网推出的“拒付欺诈货物损失保障”服务，即可降低卖家因遭遇买家拒付、欺诈而带来的风险。购买拒付欺诈保障服务的卖家，在出现买家恶意拒付、欺诈情况时，将得到一定比例的保险补偿，其过程是发卡行或发卡组织将付款撤单消息反馈给敦煌网平台，然后敦煌网平台在一周内对卖家进行补偿，并建立不良买家黑名单。
（6）流动性风险。对于流动性风险，可以用加入提前收款计划、获得跨境电子商务平台或银行贷款等方式加以规避。比如，速卖通卖家在满足一定的运营条件后，可以申请加入提前收款计划，提前获得货款。另外，不少跨境电子商务平台都为卖家提供信用贷款，基于卖家最近一年的销售数据，给予年销售额10％左右的信用贷款。卖家个人或企业也能从部分银行获得信用贷款额度，这对于流动资金也是很好的补充。
