目前，跨境电子商务物流存在以下问题：
运输成本高
目前，大多数中小零售企业仍采用邮包、专线等方式进行物流运输。如果客户有大量的批发，可以考虑。如果顾客只买了一件，商业快递就不会有回报。但从整体上看，邮包或专线的成本仍然高于商品的利润。一般来说，物流成本应控制在总成本的30%左右。除了通关费和挂号费外，如果货物在运输过程中被海关丢失或退回，跨境电子商务零售企业的跨境物流成本将进一步增加甚至亏损。
运输时间长，物流信息跟踪不及时
跨境物流环节多，覆盖面广。国内运输、海关查验、通关、国外配送等环节所需时间远远超过国内物流。为了控制物流成本，中小跨境电子商务零售企业往往选择物流成本较低的物流模式。我们都知道，商业快递的价格昂贵，除了其服务范围广、服务好外，还有运输速度快、签收时间短的好处。如果选择物流成本低的运输方式，物流周期也会增加。如遇特殊情况，如一些边远地区或国家通关困难，可能需要2-3个月才能签到。
退换货困难，客户体验差
网上购物和我们去实体店购物不一样。由于网上购物没有亲身体验，当顾客收到实物时，会出现预期与实际之间的差距，容易导致退货或不良问题评价。跨境电子商务的退换货与国内的退换货不同，运费直接由卖方承担。海外退货零件的运费非常昂贵，比发出的运费高出几倍甚至几十倍。对卖方来说，它宁愿丢弃和重新发送货物，也不愿退货和换货。即使是退货，也没有完整的退货物流渠道。在归还过程中，可能会丢失。
海外仓库利用率低
海外仓可以很好的解决客户退货和换货问题，但是，对于中小跨境电子商务零售企业来说，使用海外仓库的频率非常低。首先，由于产品零售，订单可能来自世界各地，不局限于他们自己的国家；其次，由于海外仓库的仓储成本高，对于中小型跨境电子商务企业来说，仓储成本高是一笔非常大的开支；第三，由于海外仓库库存控制、运输过程中的不良品、仓库中堆积如山的滞销品、顾客退货换货等都需要卖方考虑如何处理、销毁、低价销售或运回中国，而且手续费也是一笔不小的开支。
