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海关的基本职能包括税收征管、出入境监管、保税监管、进出口统计、稽查、知识产权海关保护、打击走私、口岸管理等，跨境电商涉及的就是进出境货物的监督管理。2018年4月20日，中国出入境检验检疫局正式并入海关总署，并成为海关总署其中的重要部门。自4月20日起，出入境检验检疫系统统一以海关名义对外开展工作，一线旅检、查验和窗口岗位要统一上岗、统一着海关制服、统一佩戴关衔。4月20日起，旅检监管、通关作业、申报查验放行“三个一”，运输工具登临检查，辐射探测，邮件监管，快件监管，报关报检企业资质注册以及对外“一个窗口”办理7个业务领域完成优化整合，实现“一口对外、一次办理”，并完成业务单证及印章的统一替换。

与跨境电商有关的是商检。边检即边防检查，主要是对出入境人员及携带物品的检查;而安检主要是查违法物品，保障交通安全。既然是监督管理，那么就要查验货物，商检是查质量卫生，具有一票否决性，不合格即无法入境。而海关查验是要确定申报的真实性，包括商品的归类、价格及产地等信息，落实国家的税收和贸易管制措施等情况。因此海关查验相对复杂，在申报环节和查验放行环节，只要海关关员在进行人工审单时认为报关单申报内容不清楚，或有任何疑问，便可以人工操作下达布控指令，查验货物是否单货相符，对贸易类的会出具“海关查验通知单”，而对邮件、快件以及跨境电商等小件进行流水线直接操作。查验可以分为人工查验和机检查验，可以抽查或彻底查验。查验比例及布控的策略，海关会根据企业的通关历史记录、信用等级、商品的风险水平等因素调整。2014年，“简政放权”，海关总署废止“报关员”资格核准，只要备案即可。总之，进口申报环节很重要，无论是哪种通道都务必“按期、如实、规范”。