FBA涉及的相关费用包括订单配送费、库存仓储费（月度＋长期）、移除订单费、退货处理费及计划外预处理服务费。
1. 订单配送费
FBA配送费用取决于商品包装后的重量和尺寸（商品尺寸分段）。如果商品成套销售，那么会计算整套商品包装在一起之后的总体重量和尺寸。
2. 库存仓储费
FBA库存仓储费分为月度库存仓储费和长期库存仓储费。仓储费因商品尺寸分段和月份而异。亚马逊一般会在次月的7～15日之间收取上个月的仓储费。
每年2月15日和8月15日，亚马逊物流将进行库存清点。在这两天，在亚马逊运营中心的存放时间处于6～12个月间以及超过12个月（含12个月）库存的商品将接受长期仓储费评估。
3. 移除订单费
移除费用按移除的每件商品收取。通常情况下，移除订单会在10～14个工作日内处理完毕。但是，在节假日和移除高峰期（2月、3月、8月和9月），处理移除订单可能需要长达30天或更长时间。
4. 退货处理费
退货处理费等于某个指定的商品的总配送费用。该费用适用于在亚马逊上出售的属于亚马逊为其提供免费买家退货配送的选定分类（服装、钟表、珠宝首饰、鞋靴、手提包、太阳镜和箱包类商品），并且实际被退回至某个亚马逊运营中心的商品。在单个订单中向买家配送了多件商品时，单件商品要支付的退货处理费可能要高于总配送费用。
以一件出库配送重量为1磅（约0.45千克）且在1～9月期间售出的手提包为例，该笔交易的亚马逊物流配送费用为2.99美元，如果买家决定退回该商品，则卖家需要支付2.99美元的退货处理费。
5. 计划外预处理服务费
如果运送到亚马逊的商品没有经过妥善预处理或贴标，就需要在亚马逊运营中心实施计划外预处理服务，如贴标或塑料袋包装，这些服务都需要收取一定的费用。
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