进出口货物报关的作业流程包括报关准备、现场作业和后续作业三个阶段。
进出口货物的报关，一般来说可归纳为四个基本环节，即进出口申报一配合查验一缴纳税费一结关放行。
(1)进出口申报，是指进口货物的收货人、出口货物的发货人或者他们的代理人在进出口货物时，在海关规定的期限内，以书面或者电子数据交换 (EDI)方式向海关报告其进出口货物的情况，并随付有关货运和商业单证，申请海关审查放行，并对所报告内容的真实准确性承担法律责任的行为。进出口企业向海关申报时必须提供发票、装箱单、提运单、报关单、进出口批文、减免税证明及加工贸易备案手册等单证。
(2)配合查验，是指海关在接受报告单位的申报后，为确定进出境货物的性质、原产地、货物状况、数量和价值是否与货物申报单上已填报的详细内容相符，依法对货物进行实际检查，海关查验进出口货物时，报关员必须在场，并按照海关的要求负责搬移货物、开拆和重封货物的包装等。
(3)缴纳税费，是指向海关缴纳根据国家的有关政策、法规对进出口货物征收的关税及进口环节的税费。
(4)结关放行，是指海关在接受进出口货物的申报，经过审核报关单据、查验货物、依法征收税款，对进出口货物做出结束海关现场监管决定的工作程序。对经口岸放行后仍需继续实施后续管理的货物，海关在规定的期限内进行核查，对需要补证、补税货物做出处理直至完全结束海关监管的工作程序。
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