(1)人才缺失
在跨境电子商务快速发展的同时，各类企业对跨境电子商务人才的需求也越来越大，虽然目前设立国际贸易和电子商务专业的学校很多，学校每年向企业输送大量的国际贸易和电子商务专业人才。但是，兼具国际贸易和电子商务特征的跨境电子商务企业对人才的综合性需求较强，单一的专业可能无法满足企业对人才的需求，越来越多的企业招不到合适的跨境电子商务人才，跨境电子商务领域依然存在很大的人才缺口。一般来说，目前从事跨境电商的人才主要还是来自外贸行业，英语专业居多，一些小语种电商人才缺乏;除了要突破语种的限制，还要了解境内和境外的市场、交易方式、生活习惯、消费习惯,各大跨境电商平台的交易规则、交易特征及相关注意事项等。总之，符合跨境电商需求的综合型人才很少。
(2)尚未建立起针对跨境电子商务的法律法规体系和管理体系
由于跨境电子商务面临着比境内交易更为复杂的交易环境，而且发展迅速，目前全球尚未建立起针对跨境电子商务的法律法规体系，在监管、结汇、税收、支付等方面，也还需要进一步完善跨境电子商务的管理体系，加强安全认证体系和信用体系建设，以适应当前及未来跨境电子商务发展的需求。同时，要打造公平、开放、具有高度公信力的跨境电子商务第三方服务平台，引进大型电子商务、进口免税、金融服务、百货、跨境物流等企业，不断加强跨境电子商务的国际监管和合作，更好地保护消费者使用跨境电子商务服务的权益，加强跨境电子商务行业自律，从而营造统一、开放、竞争、有序的跨境电子商务市场环境，促进跨境电子商务的快速、可持续、健康发展。
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