在跨境电子商务领域，跨境电子商务企业经常使用搜索引擎优化技术来推广自建的B2B或B2C网站，主要是因为搜索引擎优化有以下的优点。
(1)价格相对低廉。从长期的网站推广角度考虑，搜索引擎优化的整体效果是远强于竞价排名的，成本上也能比“竞价排名”低不少，搜索引擎优化维持一年排名的费用也许只是做竞价排名几个月的费用，相比竞价要便宜，费用是可控的。
(2)管理相对简单。当排名稳定后，不需要企业天天关注，企业所要做的只是不定期观察排名位置是否稳定即可。
(3)不用担心恶意点击。搜索引擎优化所做的效果是网站自然排名，不会按点击付费，不论其他人如何点击，都不会浪费一分钱。
(4)稳定性强。用正规搜索引擎优化技术手段做好了排名的网站，只要维护得当，排名的稳定性非常强，所在位置较长时间可能都不会变动。
但是，搜索引擎优化也有以下缺点。
(1)见效慢。通过搜索引擎优化获得排名是无法速成的，竞争力较差的词通常需要2~6个月，一般难度的词大约需要6~12个月的时间，如果竞争非常大的词则需要1年以上的时间。
(2)排名规则的不确定性。由于搜索引擎在排名方面有不同规则，有可能某天某个搜索引擎对排名规则进行了改变，那时也许原有的排名位置就会发生变动。这个是很正常的现象，届时需要搜索引擎优化公司以最快的速度研究最新的规则，将网站重新恢复排名。
(3)关键词区分难易程度。竞争过于火爆的关键词，例如:手机、MP3等，做优化排名难度是很大的，需要非常长的时间，所以难度太大的词不适合做优化。
(4)关键词数量有限。做搜索引擎优化一个页面推荐只做一个关键词，最多不超过3个，其中1~2个是主词，剩余1~2个是分词，无法做到竞价排名那种关键词不限制的效果。
(5)排名位置在竞价排名之后。这个是由搜索引擎的排名规则决定的，自然排名所在的位置只能在竞价排名的网站之后。
