1.通关问题严峻
随着我国跨境电商的迅速发展，越来越多的货物需要经过我国海关来完成出入境的各项手续。由于海关必须对出入境的货物进行严格的监督、管理、审查和征税，所以，当大量的货物集中在海关时就会使得海关工作人员的工作量急剧增加；此外，跨境电商货物交易还存在更换或退货的情况，这也为海关的工作提出了新的难题。一旦货物出现了问题，便会卡在海关部门，这不但会影响货物的交运效率，更会引发社会各界对海关工作效率的不满。
2.跨境物流体系不完善
跨境物流，作为发展跨境电子商务的关键环节，涉及海关、商检、报验等多方面事务，因此面临的情况相较于国内电商也更为复杂。首先，随着国际支付的迅猛发展，消费者对跨境物流的时间、价格、安全和服务提出了更高的要求，但跨境物流的发展速度却没有能够及时赶上，因此容易拉低物流行业的整体服务水平，进而为消费者带去不佳的跨境购体验。比如，在2016年的“双11”期间，部分俄罗斯用户购买的天猫商品历经较长的配送时间才达到消费者手中，导致消费者的差评。
3.交易信用机制不健全
由于跨境电商平台上的全球货物交易往来密切，因而对跨境电商支付的安全性提出了更高的要求。但随着网络传销、网络诈骗案件的屡见不鲜，在对消费者和企业造成严重经济损失的同时，也不禁让人对跨境电商支付产生了质疑。与此同时，电子商务存在信息不对称问题，而跨境电商由于买卖双方身处不同的国家，就更难对对方的信用做出准确的判断。信用问题已经成为制约我国发展跨境电商的巨大问题。
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