在进出口商品检验过程中，会产生一系列费用，包括：检验机构收取的检验费、代理报检机构收取的代理费或中介费以及验货费等，这些费用都应算作企业进出口交易的成本，并在发生时进行计算，以明确具体数额。
此外，2012年底我国对出入境检验检疫业务计收费标准进行了部分修改，下面对修改后变更的收费标准和有关费用的处理进行讲解。
1.同批货物涉及多个检验检疫类别的，如何计收费？
简化收费方式。将货物检验检疫费中的品质检验、动物临床检疫、植物现场检疫、动植物产品检疫、食品及食品加工设备卫生检验、卫生检疫（不收费）合并为货物检验检疫费一项，取消累计收费。同时取消以下规定：
（1）同批货物检验检疫费超过5000元，超过部分按80%计收；
（2）边境口岸每批次价值在人民币10万元以下（含10万元）的小额边境贸易检验检疫收费，按70%计收；
（3）每批次价值在人民币5万元以下（含5万元）的小额边境贸易检验检疫收费，按50%计收。
2.入境流向货物如何计收货物检验检疫费？
对同一报检批，检验检疫类别含“P”或“R”的非食品加工设备类入境流向货物，由口岸检验检疫机构计收货物检验检疫费，目的机构不再收取货物检验检疫费。
对同一报检批中，检验检疫类别为 “M”或“LM”的入境流向货物，以及检验检疫类别为“MR”申报仅用于工业用途不用于人类食品或动物饲料添加剂及原料的入境流向货物，以及检验检疫类别为“R” 或“MR”或“LMR”或“LR”入境流向食品加工设备，由目的地检验检疫机构计收货物检验检疫费。
3. 实施入境直通放行的货物，如何收取货物检验检疫费？
实施入境直通放行的货物，其货物检验检疫费由目的地检验检疫机构负责收取。
4. 大宗散装商品、易腐烂变质商品、可用作原料的固体废物检验检疫工作及收费规定？
根据商检法实施条例的规定，大宗散装商品、易腐烂变质商品、可用作原料的固体服务应在卸货口岸实施检验检疫，其货物检验检疫费由口岸检验检疫机构计收。
5. 出境货物如何计收货物检验检疫费？
对在产地实施检验检疫的出境货物，由产地检验检疫机构计收货物检验检疫费，口岸检验检疫机构不再收取货物检验检疫费。
6. 对出入境货物仅实施卫生检疫如何收费？
不收费。
7. 进口小批量食品如何计收货物检验检疫费？
进口小批量食品按货物总值的 0.8%计收货物检验检疫费：进口小批量植物油按照货物总值的0.3%o计收货物检验检疫费。
8.货物检验检疫费不足最低费用的，如何收取？
对同一批货物，货物检验检疫费不足最低费用的，按照最低费用收取。
9.哪些出入境货物需要计收数/重量鉴定费？
对检验检疫类别含“M” 或“N”的出入境货物需计收数/重鉴定。
10.哪些出入境货物需要计收包装使用鉴定费？
对检验检疫类别含有“N”的出境货物需要计收包装使用鉴定费。
