进入海关特殊监管区域货物的报关与普通外贸出口货物的报关其实业务办理程序都是类似的，只是细节上有些不同。其中最值得注意的区别。就是海关特殊监管区域存在两次通关，分别是一线通关与二线通关。
所谓的一线通关，就是中国境外与特殊监管区域之间进出要办理报关，例如货物从出口监管仓拼柜上船运往美国的报关；而所谓的二线通关，即中国境内区外与特殊监管区域之间进出办理的报关，例如货物从国内工厂运往出口监管仓入仓报关。货物(不仅限货物)进出海关特殊监管区域，都是受海关监管需要办理通关手续的。外贸出口货物从中国境内运往特殊监管区域，这是二线通关，再从特殊监管区域运往境外这是一线通关。
二线通关一般是需要进行正式报关的，这与普通货物的出口报关并无很大的差异。而一线通关则视不同的特殊监管区域而定，有些会采取报关制，要求二线通关后再用报关单申报一次，例如出口监管仓；有些则会采取备案制，以出境货物备案清单的形式完成海关手续，例如保税物流园区。
外贸实践中，如果货物是卖到特殊监管区域内的企业(例如卖给出口加工区内的企业)，那么在入区报关时(二线通关)，外贸卖家需要向海关申报出口报关单；与此同时，区内企业必须同时向海关报关(或备案)。两边的通关都放行后，货物才可正常入区。
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