口岸型海关监管区主要是一线功能。部分海关监管区主要作为一线进出境通道，而不是作为长期存储场所，其直接连通境内和境外，属于不同关境之间的界线，可称为口岸型海关监管区，例如公路口岸、海港口岸等。商品进出境时，短时间内完成主要进出境通关手续：出境商品已经完成海关监管，进境商品已经完成安全准入、禁限管理、税费征收等主要通关手续。商品在监管区临时存放，目的是配合办理通关手续，办完通关手续后尽快离开监管区，不会在监管区长期存放。
区域型海关监管区包括一线和二线。部分海关监管区主要是作为商品长期存储场所，具有连通境内和境外的一线功能，也具有连通境内的区内和区外的二线功能，可称为区域型海关监管区，例如保税港区、综合保税区等。商品二线进出区时要办理进出区手续，出口商品办结进区手续后，即已完成安全准入、禁限管理、税费征收等主要出口通关手续，进口商品办结出区手续后，即已完成海关监管。
海关监管区一线功能有两种形式：一是直接连通境外，具备口岸型海关监管区一线功能，属于不同关境之间的界线，可作为进出境通道，例如具有海港口岸的保税港区；二是自身不直接连通境外，通过口岸型海关监管区连通境外，与口岸型海关监管区共同组成进出境通道，例如与口岸分离的综合保税区。商品一线进出境时应完成主要进出境通关手续：出境商品已经完成海关监管，进境商品已经完成安全准入、禁限管理等主要通关手续。
一线与二线之间属于海关监管作业区。 海关对区域实施监管，主要措施有：
一是围网管理， 通常建设物理界线将区内和区外划分开来，将区域范围围挡起来，企业运榆商品跨越围网进出区需要办理海关手续。
二是账册管理，通常要求区内企业建立电子账册，记录商品进、出、转、存用等实际状态，确保实际商品与电子账册一致。
三是视频监控，通常要求区内企业对图网、仓库、主要通道安装视频监控设备，并将视频监控图像实时传送给海关，配合海关实施视频实时监控。
四是库内监管，通常对区内商品采取盘库、核仓、库内查验等库内监管方式，确保库内商品合法性，避免商品急需进出区时实施检查，能提升商品配送效率。
五是人员管理，通常对进出区的人员及其运输工具实施监管，防范携带未经海关允许的商品进出区。
