清关是进口跨境物流的关键一环，全程运输时限常取决于清关流程的快慢。物流商的通关能力决定进口过程的快慢，谁清关效率高、税费低，谁就能快速占领贸易市场。在对跨境电商的监管方式上，中国海关走在世界前列，已实现与电商企业数据交换，且全流程信息化监管，确保“国门”安全。
为加快清关时效性，国际贸易“单一窗口”功能覆盖至海关特殊监管区和跨境电商综试区等相关区域，实现了进出境通关全流程无纸化，企业可直接登录“中国电子口岸”，扫描上传相关单证，系统自动审核放行;凡是征税进口的货物，报关代理企业需在申报后48小时内缴纳税款,否则需重新申报并记入信用记录;与多国地区的货物原产地进行电子联网，实现了货物原产地核查、原产地预裁定等业务流程电子化;引导电商企业规范商品信息备案，督促物流企业严格履行揽件验视制度，验证交易的真实性，引入物流轨迹数据。海关通过“监管方式代码”(如3010为货样广告品、0110为一般贸易等)对进出口的商品实施监管和统计，对不同商品，HSC实施不同的监管、关税和增值税的征缴等工作。进口清关还涉及外币损益、拖车、码头、进境动植物检验检疫审批、许可证等外贸知识。据海关统计,2018年我国进口整体通关时间约65小时，出口整体通关时间是10小时左右，我国进口一个集装箱货物的平均通关成本为915.9美元。整体通关时间是指货物从抵港到货物提离整个进出口环节的时间，清关流程包括货物抵港、装卸、堆放、理货、申报、查验、征税、放行等多个环节，占整个通关时间的10%左右。海关通关流程是从接受申报、审单到放行等的“串联式”操作流程。
在“全国一关”改革后，将企业报关、报检资质合并，采用“一次申报、分步处置的并行管理，并简化为三个步骤，首先由企业自行通过企业资质信用管理完成报关和税款自报自缴手续，然后风险防控中心分析货物是否存在禁限管制、侵权、品名规格数量伪瞒报等安全准入风险并下达布控指令，由现场查验人员实施查验，最后三大税收征管中心在货物放行后对报关单税收征管要素实施批量审核，筛选风险目标，统筹实施放行后验估、稽(核)查等作业。企业“自助通关、自主报税”已全覆盖进口领域全部运输方式和税则。
海关对涉及关务的企业有一套完整的认证体系，会采取差别化防控策略，"自动审放、重点稽核"，减少开拆率及通关干预，信用认证标准有多种类型，如AEO高级认证企业可享受最低进出口货物查验率、优先办理通关及验放手续，海关查验率在20%以下，而对失信的企业货物查验率则提高到80%以上。海关已引入关税保证保险政策，以进口企业作为投保人，海关作为被保险人，企业实现“先通关后缴税、汇总征税”，关税保险费率为3%左右，无须按每月税额全额交纳保证金。
“灰色清关”在形式上利用监管漏洞走不合规通道。一类是主观上故意逃税监管规则及税务条款，以低、少、谎、瞒报等方式逃避监管。另一类是客观上存在偶然漏税的现象，比如邮件类，在邮件类报关没有完全电子化申报或申报信息不完整的情况下，查验存在很多偶然性。无论哪种清关类型，发货人和承运人都要如实合规来申报，只有遵纪守法才能畅通顺利，为海关查验布控方式。
很多中小企业因为没有进口权，所以采用买单进口或代理进口，但这只是外贸办理续的方式，并不会少付税费。企业在短期之内通过灰色途径实现成本优势并非生存之道，不可侥幸，而且这些前端政策和实操正在加强监管，跨境电商零售进口、邮件快件等监管与通关，都已实现无人工干预(查验除外)、数据智能化监管与风险预警等处理。目前，贸易进口壁垒主要采用负面清单(Negative List)，就是把禁止输入的商品与技术等做成列表，限定不能干什么，列表之外的都不在管制范围以内。而跨境电商采用正面清单(Positive List )，限定了只能干什么，但不是所有商品都适用这类通关方式。
